在过去的数十年中,随着技术手段的不断改进,科研人员对转录因子网络和基因表达调控的研究也在不断深入。本文将就其研究进展做一简要概述。 一、转录因子网络 转录因子网络是基于转录因子靶基因的关系而建立起来的一种网络结构。与其他通常的生物学网络不同,转录因子网络形成时涉及到转录因子本身的结构和功能。转录因子...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。 今天,Immugent就来介绍一款轻便的基于单细胞数据进行...
-, 视频播放量 8、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 简芥领客程, 作者简介 课嘉卫星shykk66,相关视频:749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论
这次介绍的ChEA3(https://amp.pharm.mssm.edu/chea3/)就是一个预测多基因转录因子调控网络的数据库。 这个数据库整合了ENCODE;ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据,同时还整合GTEx ;TCGA 以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。另外还整合了Enrichr数据库内基因之间的转录因子共发生分析。利用以上数据...
一、转录因子网络的构建 转录因子网络是一个复杂的生物系统,它由多个单元组成,每个单元代表一个转录因子。在这个网络中,转录因子与DNA结合,并使得基因表达在细胞中发生。在整个转录因子相互作用网络中,每个转录因子都有多种表达模式,在不同时间和空间中扮演着不同的角色。所以,构建这个网络需要使用大量的实验技术和计算...
本文将介绍转录因子在基因转录调控网络中的作用机制。 一.转录因子的分类和结构 转录因子可以分为DNA结合蛋白和不具有DNA结合活性的转录辅助因子两类。DNA结合蛋白通过与DNA相互作用来调节基因转录作用,而转录辅助因子则通过调节DNA结合蛋白的活性来发挥作用。 DNA结合蛋白可以根据其DNA结合结构分为拟荧光素DNA结合蛋白、...
转录因子中高度保守残基的突变可能会影响蛋白与蛋白或蛋白间的相互作用,导致基因网络的失调和人类疾病。本研究使用患者源性诱导多能干细胞(iPS)细胞来剖析GATA4在人类心脏发育和功能中的调节机制。研究人员利用了来自于患者G296S突变的、通过CRISPR-Cas9修正的(iWT) 以及正常人的野生型(WT)成纤维细胞以非整合游离载体...
1.研究转录调控网络的结构和功能 通过构建转录因子-基因网络,可以研究不同转录因子之间的相互作用及其对靶基因表达的影响,进而深入了解转录调控网络的结构和功能。 2.预测新靶标基因 通过分析已知的转录因子-靶基因关系,可以预测新的靶标基因,并进一步验证其在生物学过程中的作用。 3.研究疾病机制 通过比较正常组织和...
2.转录调控作用:转录因子可通过不同机制调控相邻基因的转录活性,包括激活或抑制转录、招募共激活子或共抑制子,以及修改染色质状态等。 3.多样性和特异性:转录因子的种类繁多,每个转录因子能够调控多个目标基因,同时一个基因也可被多个转录因子调控。这种多样性和特异性使得转录因子能够构建复杂的基因调控网络。 二、基...
通过结合到DNA上特定的序列,转录因子能够调控靶基因的转录过程,从而控制蛋白质的合成。近年来,随着技术的进步,分子生物学的研究揭示了转录因子在基因调控网络中的作用和调控机制。 转录因子通过结合到DNA上特定的序列,介导了基因的转录过程。这些特定的序列被称为转录因子结合位点(TFBSs)。转录因子与TFBSs的结合可以...