其次是靶基因预测,通过生物信息学工具和算法,根据miRNA的序列特征来预测其可能调控的靶基因,这一步至关重要,因为它为后续的验证研究提供了候选基因列表。最后是靶基因验证,通常通过分子生物学实验,如荧光素酶报告基因检测、降解组、RLM-5’RACE和功能验证等方法,验证预测的靶基因是否真正受到miRNA的调控。这些技术的综合应
这次介绍的ChEA3(https://amp.pharm.mssm.edu/chea3/)就是一个预测多基因转录因子调控网络的数据库。 这个数据库整合了ENCODE;ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据,同时还整合GTEx ;TCGA 以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。另外还整合了Enrichr数据库内基因之间的转录因子共发生分析。利用以上数据...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。 今天,Immugent就来介绍一款轻便的基于单细胞数据进行...
心脏基因座降低了开放染色质和TBX5与SE元素的结合,降低了转录;异常开放的染色质缺失了GATA4-HDAC2,但TBX5富集,同时ETS因子的基序导致内皮基因转录沉默失败,其他参与间隔发育的位点未描述。 研究意义 本研究表明,适当的心脏发育和功能需要MED1结合的h3k27ac标记SE元素的GATA4-TBX5的共同参与,以维持开放的染色质状态...
2.转录调控作用:转录因子可通过不同机制调控相邻基因的转录活性,包括激活或抑制转录、招募共激活子或共抑制子,以及修改染色质状态等。 3.多样性和特异性:转录因子的种类繁多,每个转录因子能够调控多个目标基因,同时一个基因也可被多个转录因子调控。这种多样性和特异性使得转录因子能够构建复杂的基因调控网络。 二、基...
转录因子与基因调控网络;01转录因子概述及其在生物中的;转录因子是一类蛋白质分子能够识;转录因子的结构特点由多个结构域;转录因子在细胞分化中的作用调控;02基因调控网络的组成与原理;转录因子DNA序列基因非编码R;基因调控网络的调控过程转录因子;基因调控网络的研究方法实验方法;03转录因子与基因调控网络的关;转录因子...
植物通过调节根系结构、氮素吸收、基因转录等响应土壤中的有效氮量,其中包括营养转运、代谢相关的基因。研究表明植物氮响应受多个转录因子调控,但多数研究分析氮过量的调控网络,缺氮响应的调控途径和中心转录因子研究不够充分。本研究选择20个水稻品种在缺氮环境下培育(这些品种氮吸收效率不同),共表达分析构建基因调控网络...
在基因调控中,转录因子是非常重要的一种分子机制。转录因子是一类调控基因表达的蛋白质,可以结合到特定的DNA序列上,激活或抑制特定的基因转录。转录因子通过与DNA结合,并与其他蛋白质相互作用,形成复杂的调控网络,调节了基因转录的时空表达,从而影响细胞的生理和病理状态。 转录因子结构与功能 转录因子是一类高度保守的...
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。
近日,Horticultural Plant Journal在线发表了中国农业大学园艺学院林涛教授团队联合河南大学生命科学学院祝英方教授团队题为“Heat shock transcription factors regulate thermotolerance gene networks in tomato (Solanum lycopersicum) flower buds(...