以三代测序(如PacBio和Oxford Nanopore等)用于人类基因组组装为例,通常每个read可以达到几千到几万个碱基,覆盖30x的情况下,可能需要的reads数量在几百万到几千万不等。如此庞大的reads组装在计算重叠图(overlap graph)时通常面临巨大的计算复杂度和算力需求,因此经典计算通常引入重叠过滤、动态规划等方法来降低计算复杂...
以三代测序(如PacBio和Oxford Nanopore等)用于人类基因组组装为例,通常每个read可以达到几千到几万个碱基,覆盖30x的情况下,可能需要的reads数量在几百万到几千万不等。如此庞大的reads组装在计算重叠图(overlap graph)时通常面临巨大的计算复杂度和算力需求,因此经典计算通常引入重叠过滤、动态规划等方法来降低计算复杂...
近日，记者从中国农业科学院北京畜牧兽医研究所获悉，该所张龙超研究员团队，黑龙江省农业科学院畜牧研究所刘娣研究员团队、重庆市畜牧科学院王金勇研究员团队、岳麓山实验室印遇龙院士团队、四川农业大学李明洲教授团队联合攻关，成功完成国际首例猪T2T全基因组组装——民猪完整基因组构建。该成果填补了猪T2T基因组组装领域...
k-mer图法(k-mer graph)是一种用于处理测序数据和进行基因组组装的常见算法。在k-mer图法中,主要使用了de Bruijn图(de Bruijn graph)的思想,它通常用于从短读段数据中重建长连续序列(如基因组或转录本)。 以下是关于k-mer图法和de Bruijn图的详细解释: k-mer的定义: k-mer是指将每个输入读段(通常是测序...
contig:组装的初级序列 pair-end:中间有未知的区域 scaffold: 6. 基因组大小的估计 流式细胞仪 Kmer 分析 根据近源物种估计,得到基础值,得到一些测序数据,利用Kmer估计 1. 泊松分布 poisson distribution 测序深度:基因组中每个碱基被测序的频率。一般情况下,个体测序:30 层 ...
KmerGenie[4]:KmerGenie的最大优点在于可以实现在多个预设k-mer下的自动分析,除了进行常规的k-mer频数统计之外,还能够基于不同k-mer自动计算基因组大小,并为基因组组装评估一个最佳组装k-mer数值作为备选。 参考资料 [1] 诺禾致源survey分析:http://www.novogene.com/tech/service/Survey/result/ ...
基因组组装(全) 基因组组装一般分为三个层次,contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库,将原本孤立的contig按序前后连接,这一步会得到scaffolds。最后基于遗传...
传统上，基因组通常被组装成几兆基（Mb）的碎片段，但随着长读长测序技术的进步，现在对许多生物体而言，能够实现接近完整染色体的组装，即端粒到端粒（telomere-to-telomere）的组装。4月22日，顶级生物信息学家李恒教授在Nature Review Genetics（IF=42.69）发表了题为“Genome assembly in the telomere-to-telomere...
一、基因组组装 1、测序技术 二代短reads(准≤300bp) 三代 长reads(准确度低 50kb) 、HIFI reads(准 20kb) 2、组装原理 二代:读长短 算法采用DBG:reads被切割成kmer(后移一个碱基,以三个为一组,) overlap关系建立序列路线图形(可能存在多路径) 延长至contig 甚至scaffold ...
新华社北京9月11日电(记者郁琼源)中国三峡集团生态工程中心长江生物多样性研究中心日前发布消息称,研究中心团队历经十年艰苦努力和探索,成功完成中华鲟的全基因组测序组装。 随着野生中华鲟规模持续下降,人工保种和增殖放流对于中华鲟保护更加重要。2013年中华鲟自然繁殖中断,亟需加快新的保护技术研发助力中华鲟保护。中华...