输入的不是subreads而是subreads(一致性较好)得到的ccsreads 4.基因组装结果质量评估 检测装的行不行 上:异常峰比对的话可以知道是什么的污染 右:丰度低的1×2×之类的基因组中嵌合的 冗余的序列 去掉。 二、注释 1、重复序列注释 2、编码基因注释 基因结构 外显子内含子终止密码子3‘UTR 需要注释出基因从哪...
1.基因组序列的结构组成注释 说到基因组组装,我们就应该先了解下基因组序列的组成。 对于单倍体生物来说,每个细胞都应该都有一套完整的基因组,那么该基因组包括了编码序列和非编码序列,那么对于有性生殖生物,基因组包括核基因组,叶绿体基因组和线粒体基因组,不过这里我们重点讨论核基因组 对于我们的基因组来说,大...
在这个过程中,基因组的组装和注释是必不可少的步骤。 基因组组装: 首先我们需要知道DNA的结构。DNA由两条相对互补的链构成,每条链都由一系列的四种碱基(腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶)组成。基因组组装的目标是将这些碱基读取出来并按照正确的顺序连接起来。 基因组组装有两种主要方法:基于参考基因组的组装和...
但有几个比较好的结果(称为:样本A、样本B、样本C、样本D),然后无用样本A通过NEANGS组装出来的COX1、COX2作为种子序列(这两个序列在线粒体基因组上就是连在一起的)使用NOVOPlasty从样本B中组装出来了上述图中的序列,但其长度只有10380bp,通过注释发现缺少CYTB等序列,因此我用样本C中组装出的...
基因组组装与注释方案 组装方法和工具 组装方法和工具 基于重叠图的组装方法 1.利用序列之间的重叠关系构建图模型，解决序列拼接问题。2.适用于高质量、高覆盖度的基因组数据组装。3.需要考虑计算复杂度和内存消耗问题。基于deBruijn图的组装方法 1.将序列拆分成k-mer，构建deBruijn图，进行序列拼接。2.适用于低质量...
1.1 重新组装,针对测序数据质量不高,基因组组装指标不高的情况,最好的办法就是用最新的组装软件(注意版本)进行组装,软件的更新对基因组组装质量有大的影响。 1.2 部分组装,筛选原始数据中是否存在和目标序列相似的reads,提取出来进行组装,再加到基因组中。如果没有需要进一步核查PCR的准确性 ...
基于reads的宏基因组物种注释 1.kraken2 + bracken2 Kraken2是一款基于k-mer的精确比对工具,它利用最小共同祖先(LCA)算法对序列进行物种注释。该软件通过比对k-mer(序列中长度为k的片段)到其内置的数据库中,…
本来,基因组测序后组装和注释都是交给测序公司做的,一来觉得测序公司经验丰富,参数可以优化的更好;二来,公司一般会在制定时间内提供结果,方便实验的下一步安排。然而这次测序,和北京某测序公司(大胆联想)合作的过程中还是翻车了。在数据分析的过程中,发现六个物种基因组的注释信息完全是错误的,A物种结果里包含着B物...
1.基因组注释的意义 植物基因组注释是指对基因组序列进行了解释的过程,包括确定基因的位置、边界、外显子的数量和位置、转录本的可变剪接以及预测蛋白质编码区等功能元件。注释比对基因组组装更复杂,因为它需要根据生物学相关性确定基因是否存在,而不是简单地将序列组装走来”。 2.基因组注释技术的发展 随着基因组测...
大部分染色体组装出了完整的端粒序列，仅少数不完整或缺失，最终获得了40条染色体序列，其中38条没有gap。共注释到1,749.63Mb的重复元件，占总基因组的75.19%。通过从头预测、转录本证据和同源蛋白证据共鉴定到67,527个蛋白编码基因，其中有92.33%的基因得到了功能注释。系列评估显示该组装无冗余、无塌缩、错误...