最前面:测序错误造成。 两个峰值:一个峰高,一个峰低(高杂合基因组造成,深度正好差一倍)。 尾部:由于重复片段造成的。 image.png 下面: 同样两个峰,80处有个小峰,基因组带有高重复率,但是杂合度不高。 image.png Kmer在组装上的应用 组装基于 Kmer 而非 reads 长度为17的Kmer,相邻有16bp是相同的。 read ...
基因组自组装是一种利用物理化学原理自发形成结构的技术。在这个过程中,存在两个主要的相互作用力: 静电相互作用:静电力是一种作用于电荷粒子之间的相互作用力。当两个带电物质的电荷性质相同时,它们之间的作用力是斥力;反之,则是引力。在基因组自组装的过程中,静电相互作用起着主导作用。 范德华力:范德华力是吸引...
目前主流的基因组装算法都是基于DBG方法改进设计的。 2. 基于De-Bruijn Graph的组装算法 前面我们说到基因组denovo组装两种方法,下面主要展开说说基于De-Bruijn Graph的组装算法的基本原理。此处,就以目前使用比较广泛,由华大基因团队开发的SOAPdenovo[4]为例。软件的参考文献[5]有兴趣可以在参考资料看一下读读。
基因组组装的成功与否直接影响着后续的基因功能研究和基因疾病治疗。 二、基因组组装的原理 基因组组装的原理主要基于DNA片段的比对和重叠。一般而言,基因组组装分为两个主要步骤:第一步是将DNA片段进行比对,找出它们之间的共同序列;第二步是根据这些共同序列将DNA片段进行重叠和拼接。 1. DNA片段比对 DNA片段比对是...
OLC算法最初成功的用于Sange测序数据的组装,比如Celera Assembler,Phrap,Newbler等均采用该算法进行拼接组装。基于Overlap-layout算法的组装软件首推CABOG,这是当年用来组装果蝇基因组的原型。 2)基于DBG算法 DBG原理图如下,共6步: A. 序列k-mer化:对插入片段进行建库测序,下机reads经质控后,对clean reads进行k-mer...
基因组测序数据的拼接/组装 (图片来源:google) 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novogenome assembly),最后还原测序物种的各条染色体的序列,即ATGC四种碱基的排列顺序。
基因组组装是指将二代测序得到的短序列拼接成一个完整的基因组序列的过程。这一过程的实现依赖于序列之间的重叠区域,通过寻找这些重叠区域并将序列依次拼接起来,最终得到完整的基因组序列。 二、基因组组装的关键步骤 1. 数据预处理:对测序得到的原始数据进行质量控制,去除低质量...
以下是基于De-Bruijn Graph的组装算法的基本原理，以SOAPdenovo为例。首先，对基因组DNA进行打断成小片段，然后进行建库与双端测序。构建De-Bruijn图是核心步骤，将测序reads进行k-mer化处理，构建节点，并根据k-mer的重叠关系建立边。之后，对图进行简化，去除冗余节点，最终拆分出contigs并构建scaffolds，...
首先将reads打断成长度为K的核酸片段,即Kmer,在利用Kmer间的overlap关系构建DBG,再通过DBG得到基因组序列。 DBG算法最早应用于如细菌类小的基因组的组装上,直到李瑞强等(2010)开发SOAPdenovo算法,成功的组装了采用二代测序的黄瓜及熊猫的基因组,DBG算法开始普遍运用。
1.组装的概念及意义是基因组denovo组装原理及常用软件使用方法的第1集视频,该合集共计18集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。