miRNA-TF-mRNA网络分析网络分割算法核心基因【目的】 1.通过研究消化道癌症转录数据分析消化道癌症共享表达模式并分析癌症间共享分子机制. 2.利用网络分解算法分割转录调控网络成紧密互作的子网.通过分析紧密互作的子网基因评价和分析消化道癌症之间重要的分子功能与基因. 3.构建消化道癌症miRNA-TF-mRNA调控网络,藉网络...
构建miRNA-mRNA差异表达网络,对其进行GO注释分析,筛选出与B细胞增殖相关的mRNA并采用荧光定量PCR(qRTPCR)以及流式细胞术(FACS)等手段进行验证.结果:GD患者外周血CD19+B细胞中有119个差异表达miRNA和572个差异表达mRNA,并筛选到159个潜在靶基因.通过构建miRNA-mRNA差异表达网络以及GO注释分析等手段,证实与B细胞增殖...
mRNA表达谱的相互作用,以构建ceRNA网络.将miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集,构建PPI网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析.利用Coremine Medical数据库筛选核心靶点预测得到的中药.结果 共鉴定出339个DEmRNA和476个lncRNA.在ceRNA网络中总共获得了4个差异的lncRNA-miRNA相互作用和39个失调的miRNA-mRNA相互作用,包括...
miRNA-mRNA调控网络差异表达基因目的:利用生物信息学方法构建融合基因在横纹肌肉瘤(RMS)发病机制中潜在的miRNA-mRNA调控网络,为研究RMS提供新方向.方法:采用GEO2R分析工具筛选融合基因阳性和阴性RMS组织差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA;预测差异表达miRNA的靶基因,重叠DEGs和靶基因筛选出目标基因;采用DAVID数据库对目标...
并利用R语言的"limma"包获取差异表达基因,通过交叉获得目标基因,并进行GO功能富集分析和KEGG富集分析.最后,将筛选到的miRNA和目标mRNA通过Cytoscape软件进行可视化处理,构建miRNA-mRNA调控网络.结果:(1)该研究通过对两组数据分析共筛选出229个共同差异基因.GO功能富集分析和KEGG富集分析显示主要涉及到参与免疫反应的中性粒...