启动子和增强子相互作用 什么是启动子和增强子 启动子的定义和功能 •启动子位于基因的上游区域,在转录起始位点附近,一般由一系列特定序列组成。 •启动子是基因转录的起点,它与转录因子的结合使得转录酶能够结合并开始转录过程。 增强子的定义和功能 •增强子位于启动子附近的DNA序列,可以远离转录起始位点。 •增...
近日，瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions，通过对特定启动子的分析，将增强子定位在染色体不同位置上，揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及输出的非线性相关关系。染色体构象捕获实验发现增强子与...
近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions,通过对特定启动子的分析,将增强子定位在染色体不同位置上,揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及...
近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions,通过对特定启动子的分析,将增强子定位在染色体不同位置上,揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及输出的非线性相关关系。 染色体构象捕获实验发现增强子与启动...
通过对转录周期的操纵，证明了Pol II在增强子-启动子相互作用中的关键作用。值得注意的是，启动子-近端暂停的Pol II本身部分稳定了相互作用。他们提出了一个更新的工作模型，其中转录动力学元素塑造了相互作用的持续时间或频率，并以此促进增强子-启动子的交流。在本研究中，作者首先在K562细胞中定义了一组功能性增强子...
有研究指出,在DNA锚定区域,CTCF介导的环(CTCF-mediated loop)可以有效规范增强子-启动子之间的相互作用。CTCF通常富集在TADs(topologically associating domains)边界处,TADs一般可以定义为高度自相互作用区域,CTCF在此处富集可以使得其与基因组上临近基因序列隔离...
通过对转录周期的操纵,证明了Pol II在增强子-启动子相互作用中的关键作用。值得注意的是,启动子-近端暂停的Pol II本身部分稳定了相互作用。他们提出了一个更新的工作模型,其中转录动力学元素塑造了相互作用的持续时间或频率,并以此促进增强子-启动子的交流。
增强子是指能够增强其上游或下游基因转录的DNA 序列,主要的功能是与其特异性反式作用因子相互作用,增强基因的转录效率。 沉默子为负控元件,能抑制上游或下游基因转录的DNA序列。当其结合特异蛋白质因子时能对基因的转录起阻遏的作用。 绝缘子长约几百个核苷酸对,是通常位于启动子同正调控元件(增强子)或负调控因子(为...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。