SCENIC正式分析的第一步是计算转录因子与每个基因的相关性 ## 基因过滤# 过滤标准:基因表达量之和 > 细胞数*3%,且在1%的细胞中表达genesKept<-geneFiltering(expr_matrix,scenicOptions=scenicOptions,minCountsPerGene=3*.01*ncol(expr_matrix),minSamples=ncol(expr_matrix)*.01)## Maximum value in the expr...
SCENIC全称Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering,即单细胞调控网络与聚类,常用于转录因子分析,主要利用单细胞转录组测序数据来构建gene regulatory network (GRN)基因调控网络。其算法如上图,主要包括下面三个部分: (a)根据用户输入的转录因子列表,通过单细胞表达矩阵,推断物种的哪些基因与提供的转录因...
在输入单细胞基因表达量矩阵后,SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析:第一步是构建共表达网络、第二步是构建TF-targets网络、第三步是计算Regulons活性,每一个步骤都由一个专门的软件包完成。我们来看一下各步骤详解。 2.1 GENIE3——共表达网络构建 第一步由GENIE3或GRNBoost软件完成,这里以GENIE3为例介绍。G...
SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了...
另外,运行单细胞转录因子分析之SCENIC流程还需要下载配套数据库,不同物种不一样, 在 https://resources.aertslab.org/cistarget/ 查看自己的物种,按需下载: 代码语言:javascript 复制 # https://resources.aertslab.org/cistarget/dbFiles<-c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg1...
转录组学常见问题-转录组数据和qpcr、wb验证不吻合原因-lbq 440 -- 12:04 App 单细胞联合空间转录组学经典分析案例-肿瘤相关项目的“必修课” 762 -- 3:02 App 转录组学数据挖掘-转录组数据如何挑选核心基因-lbq 533 -- 27:50 App 单细胞测序技术的发展与应用 2395 -- 35:00 App 用autodock vina进...
SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了...
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。
因此,分析转录因子表达及其调控活性对于解析复杂生命活动具有重要意义。 SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。在输入单细胞基因表达量矩阵后,SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析:...
SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了...