SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。 主要的原理...
saveRDS(scenicOptions, file="int/scenicOptions.Rds") 为了演示,我们只分析10kb的数据库Co-expression networkSCENIC流程的第一步是基于表达数据推断潜在的转录因子靶标。这可以通过GENIE3或GRNBoost完成这里我们需要输入的是:过滤后的单细胞表达矩阵 TF的列表(潜在的调控因子)这...
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。 主要的原理...