染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水…
实验使用人Ramos(B细胞)和Jurkat(T细胞)进行scChIP-seq后,发现单细胞染色质谱和共识聚类明确了每个细胞系的2个稳定簇,H3K4me3和H3K27me3谱的细胞身份匹配特异性分别超过99.7%和99.5%,聚集的单细胞图谱以高精度重现了bulk ChIP-seq 图谱(图1.b-d)。此外,scChIP-seq差异分析鉴定Ramos和Jurkat细胞特有的激活和抑制...
单细胞ChIP-seq技术可以从单细胞层面上让我们解析,为何不同细胞中基因的表达会出现差异,产生差异的上游调控机制是如何形成的等表观遗传学难题。自2015年首次被提出以来,得到快速发展,钟鼎生物引入商业化的平台,能够在6min内产生成千上万个单细胞的液滴,是一套全新的单细胞ChIP-seq解决方案。 技术原理 1.添加一抗...
尽管商业化的单细胞ChIP-seq技术近期才发布,但是单细胞ChIP-seq技术已在几个领域发光发热(比如肿瘤耐药性、细胞发育以及衰老)。 2019年一篇发表在期刊Nature genetics的研究利用单细胞ChIP-seq在乳腺癌获得性化疗耐药和靶向治疗的患者来源的异种移植模型[5],发现未经治疗的药物敏感肿瘤中的一部分细胞与耐药细胞具有共同的...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》 和《ATAC-seq数据分析》 就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。 总结: 该方法是一篇关于单细胞ChIP实验的文章,讲述了从原位ChIP,及其衍生出的单细胞ChIP技...
之前翻译了一篇单细胞ChIP文章单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH) 看到有这个图,大概意思 :将H3K27ac 位点及其细胞分别进行了层次聚类,使用HOMER进行每个enhancer module de nove TF, 使用GREAT进行GO富集分析。使用二项分布进行P-Value。 image.png 以为就是行是很多peak 位置,列是不同细胞的count matrix聚类热图,用pheat...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...
RNA-BS+RNA-seq揭示NSUN2介导m5C修饰靶向CRC中的ENO1导致葡萄糖代谢重编程 (3)m6A项目:MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品种猪肌肉发育的m6A RNA甲基化差异 期刊:cells影响因子: IF 5.1 样本:仔猪 肌肉细胞 本研究鉴定了大约克猪(Large White, LW)和宁乡猪(Ningxiang, NX)不同品种新生仔猪肌肉发育过程中的差异表达...