3.构建文库:胞膜破裂释出mRNA 3’端poly(A)尾被凝珠poly(dT)捕获,逆转录形成cDNA文库,并经PCR大量扩增,加上测序接头进行测序 4.数据分析:三维立体构建视图: 三、数据分析:质控-降维-差异基因分析-富集分析-通路分析 1、质控:碱基质控,细胞及基因统计,细胞过滤 ;排除组织细胞分离损伤、无效逆转录或PCR等,导致...
10x:10x Genomics提供的单细胞测序技术通常使用其独特的微流控芯片和试剂盒,测序数据可以使用10x Genomics提供的Cell Ranger等分析软件进行预处理。与BD相比,10x的数据预处理流程有所不同。 但是这些预处理步骤,我们可以不去过多的关心,因为预处理的数据通常都是下机之后,公司会交给我们的,我们只用继续下游的分析即可。
单细胞分析的关键是barcode，在逆转录过程中，barcode被添加到RNA分子中，从而可以识别单个细胞。第一个分析步骤是生成数据矩阵，数据矩阵表示来自原始测序文件的转录本数据库的barcode（细胞）。对于10×基因组学数据，CellRanger （table1，总结了文中提到的工具、方法和数据库）是最常用的工具。分析流程的下一步是质...
分析流程的第一步是生成数据矩阵,该矩阵通过转录物数据库从原始测序文件中呈现细胞的条形码。对于10*Genomics的数据,CellRanger是最常用的渠道,包括测序reads到基因组的解多路复用和比对,将比对的reads注释到基因,以及对基因进行量化。 图1 scRNA-seq分析的生物信息学工具 小果在这里仅展示部分相关工具,有关scRNA-seq分...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门 65.1万 7201 10:03:00 App 【R语言入门】小白速成与实践 全30课 3.1万 18 29:30 App 保姆级单细胞代码分析(1)|seurat分析 质控 降维聚类umap tsne 11.1万 82 ...
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中,我们经常会用到Seurat包和SingleR包。Seurat包主要用于质量控制、分析和探索单细胞数据;它可以鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源,并可以整合成多种类型的单细胞数据;它的的功能包括数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差...
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中,我们经常会用到Seurat包和SingleR包。Seurat包主要用于质量控制、分析和探索单细胞数据;它可以鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源,并可以整合成多种类型的单细胞数据;它的的功能包括数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差...
本发明涉及单细胞生信技术领域，提出了一种基于单细胞测序数据分析细胞轨迹的方法及电子设备，以解决单细胞测序数据分析细胞轨迹存在的计算量巨大，分析不够准确的问题。有鉴于此，本发明的目的在于提出一种基于单细胞测序数据分析细胞轨迹的方法及电子设备，以解决单细胞测序数据分析细胞轨迹存在的计算量巨大，分析不够准确...
图1 两组学关联分析思路 1)细胞亚群和克隆型鉴定 首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;从TCR/BCR测序数据中,我们可以鉴定出不同的克隆型信息。 2)免疫细胞亚型鉴定 接着,我们可以对免疫细胞进行再分群分析,鉴定不同的免疫细胞亚型,然后根据确定亚型的T/B细胞数据与TCR/BCR数据...
之前所使用的数据 R语言的IDE 二、过程 直接运行代码就可以出现结果,但是我们需要了解单细胞注释的目的是什么! 目的:将之前所进行聚类分群的细胞亚群进行注释,以便之后的研究。 注释方法:1.软件注释 2.人工注释 我们这次所进行的注释是通过使用R语言所进行细胞类型的注释。