首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;从TCR/BCR测序数据中,我们可以鉴定出不同的克隆型信息。 2)免疫细胞亚型鉴定 接着,我们可以对免疫细胞进行再分群分析,鉴定不同的免疫细胞亚型,然后根据确定亚型的T/B细胞数据与TCR/BCR数据进行合并分析,获取每一个T/B细胞的克隆型多样性和...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是高通量基因表达测序技术,可同时测定单个细胞内数千个基因的表达水平,从而描述每个细胞的转录谱。单细胞免疫组测序(scVDJ-seq)可揭示单个免疫细胞中的V(D)J重排序列以及免疫细胞的抗原受体多样性。如果将这两组数据进行关联分析,可以更全面地了解单个细胞的转录特征和免疫行为,并且有助...
单细胞侧重于在哪里表达及有无表达,传统测序侧重于表达高低。 普通转录组测序是提取组织、器官、群细胞的混合RNA/bulk RNA进行测序,得到的是群细胞中单个基因的平均表达水平,用来比较不同组织间的表达差异,但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失(以肿瘤为例,肿瘤中心细胞、肿块边缘的细胞、肿...
第四步:TCR/BCR分析 如果是同时做了TCR或BCR实验的,我们也可以结合mRNA测序分析不同样本和不同细胞类型TCR或BCR的克隆扩增情况。 TCR克隆数据分布 多样本 VJ 使用率比较 多样本TCR克隆扩增亚群差异展示 今天单细胞数据分析的内容就介绍到这里了。我们通过不断的优化分析内容和项目合作已经积累了相当多的单细胞项目经...
两组学关联分析的核心在于通过相同细胞亚群的上调基因和上调peak分析来鉴定核心TF和靶基因,接着可以对目标亚群进行深入分析,最后通过实验验证目标细胞或基因的功能。 图1 两组学关联分析思路 1)质控分群 首先,通过scRNA-seq数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群。接着,我们可以使用scRNA-seq的数据来注释scATAC-...
在前面的《单细胞转录组与TCR/BCR测序数据关联分析思路》和《单细胞转录组与单细胞ATAC测序数据关联分析思路》文章中,我们介绍了单细胞多组学的分析思路与方法,这些技术需要将细胞从组织中分离出来,从而丢失了细胞空间位置和相互作用的信息。近年来新兴的空间转录组技术能够还原组织形态和细胞空间位置信息,但其分辨率通常...
加载中... 00:00/00:00 单细胞及空间组学测序数据分析思路 百奥益康发布于:北京市2023.06.05 13:34 分享到 单细胞及空间组学测序数据分析思路
3、拟时序分化分析。分析亚群分化关系及分化过程中的功能变化，揭示亚群演变和功能诠释。第四步：TCR/BCR分析。若同时进行TCR或BCR实验，结合mRNA测序分析克隆扩增情况。单细胞数据分析步骤至此结束，优化分析内容和项目合作，积累了丰富的单细胞项目经验，提供完全定制化服务。更多需求请联系我们！
2、利用单细胞测序数据找到关键细胞 找到了一些关键的基因,还要知道这些基因主要在哪一种细胞中表达,肿瘤细胞?肿瘤干细胞?还是免疫细胞?这时候单细胞测序数据就派上用场了!这样关键的细胞和基因就都找到了。 3、利用共表达基因分析功能 功能分析也可以用共表达基因!找到关键基因的共表达基因,看一下这些共表达基因的...