scRNA‑Seq data analysis Gulati等人发现单细胞基因计数与相应细胞的分化状态之间显著相关;较高的单细胞基因计数与较低的细胞分化相关;CytoTRACE是一种通过scRNA-seq数据进行分化状态预测的稳健计算框架,在大规模数据集中得到验证,优于现...
Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...
在同一样本上使用多个protocols能够评估这三种 snRNA-seq protocols与 scRNA-seq protocols相比减少解离相关效应的能力,对比每种协议测量的细胞表达谱,并开发一种整合方法将结果整合到更全面的单一map中。 工作突出了应用于人类肝脏的 snRNA-seq 和 scRNA-seq 技术之间的细胞类型组成差异,并揭示了 snRNA-seq 数据特有的...
尽管单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议未能捕捉多个时间点的转录组，但它们确实包含了区分未剪切和剪切mRNA...
单细胞核糖核酸(RNA)测序(scRNA-seq)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。单核RNA测序(snRNA-seq)对于在冷冻或难以分离的组织中进行这种类型的分析是必要的,这些组织不能受到scRNA-seq的影响。组织状态的这种差异导致了每个平台中细胞类型分布的变化。为了确定这些方法的特点及其差异,对结肠...
所以要深入了解SCI后脊髓里的免疫微环境的变化,以及如何调控这些免疫细胞的状态,才能找到最佳的再生策略。这篇文章就是用RNA-seq和单细胞,来分析SCI后脊髓里的免疫基因和免疫细胞的表达和分布,并且找到了一种可能通过改变免疫细胞的极化状态来促进SCI小鼠再生的药物,并且用实验验证了它的有效性。
CytoTRACE是一个通过scRNA-seq数据预测分化状态的稳健计算框架,在大规模数据集中得到验证,其性能优于现有的干性计算技术。由于染色质可通过单细胞基因计数定量反映,研究发现单细胞基因数与相应细胞的分化状态之间的显著关联。较高的单细胞基...
背景: 抗体介导的排斥反应(ABMR)显着影响移植肾的存活,但 ABMR 中的巨噬细胞表型、个体发育和机制仍不清楚。 方法: 我们分析了来自 GEO 和 ArrayExpress 的移植后测序和临床数据。通过对 scRNA-seq 数据进行降维和聚类,我们识别了巨噬细胞亚群,并比较了它们在 ABMR 和非排斥病例中的浸润情况。 Cibersort 对大量样...
研究人员表示，单细胞RNA测序（scRNA-seq）是表征样品中单个细胞的转录组的主要技术。最新的实验方案可扩展到数千个细胞，并被用于绘制组织、器官和生物体的细胞图谱。但是，这些实验方案在RNA捕获效率、偏倚、规模和成本方面有很大不同，并且它们在不同应用中的相对优势尚不清楚。Fig. 3 来源《自然—生物技术》| ...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: ...