随后,作者成功地将细胞分类为14个亚群,并使用SingleR R软件包将其注释为可识别的细胞类型。主要的细胞类型包括B细胞、单核细胞、T细胞、自然杀伤细胞、血小板、中性粒细胞、GMP粒细胞-单核细胞祖细胞、前B细胞(CD34-)和骨髓(图5A)。然后,作者分析了与11个肠道菌群的遗传变异相关的基因,这些基因作为败血症的工具变量...
单细胞测序数据挖掘视频(GEO数据库/scRNA-seq/PCA/ tSNE) 416 -- 0:14 App IF:27.7!无需测序!GEO数据库果然是上分神器!经费不足看过来 1787 1 12:14 App 生信自学网-课程试学-可成药基因孟德尔随机化分析(MR+共定位+分子对接) 2770 -- 12:45 App 生信自学网-课程试学-泛凋亡文章套路视频(细胞凋亡、...
5个蛋白编码基因在正常结肠组织中具有细胞类型特异性富集, CD86和TIMP2主要富集于树突状细胞(DC),而MMP2富集于成纤维细胞,FUT3富集于上皮细胞。 图4 用全蛋白质组孟德尔随机化方法鉴定结肠肿瘤组织中蛋白质编码基因的单细胞型表达 5. 治疗靶点潜力的蛋白相互作用和可药性评估 蛋白-蛋白相互作用分析发现,已鉴定的潜...
基于已发表的全基因组关联研究(GWAS)汇总统计数据,采用双向双样本孟德尔随机化(MR)分析评估了肠道微生物群组成与脓毒症之间的关联,并进行敏感性分析以验证结果的稳健性。整合GWAS和表达数量性状位点(eQTL)数据对IV SNPs和暴露基因进行了MR分析,以确定关键基因。针对关键基因进行功能富集分析,利用单细胞数据集分析关键基...
其中一个例子是EFEMP1,罕见突变与一种孟德尔型青光眼相关( 47 )。共定位分析表明,EFEMP1的第6和第7外显子的跳跃可能对POAG具有保护作用(附加图 12 )。在仅在POAG EUR GWAS中发现的9个位点中,有两个位点与作用于多个基因的eQTL共定位,包括参与细胞外基质(EMID1)和血管内皮生长(ANGPTL2)的基因,这两个位点也...
接下来,对MOD集群中的lncRNA和mRNA以及在IEU OpenGWAS数据库中发现的相关性状进行了双样本孟德尔随机化(MR)分析。 作者想要估计这些mRNA可能与IEU OpenGWAS数据库中发现的特征之间的因果关系。进行双样本MR检验。总共有52种mRNA被证明对217种与人体测量、脂质、血细胞组分等性状具有潜在的因果效应。
通过单细胞测序,可以对大量细胞进行高分辨率的分析,揭示细胞群体中的细微差异,从而更好地理解细胞的多样性和功能。 孟德尔随机化(Mendelian randomization)是一种利用遗传变异作为自然随机化实验来评估因果关系的方法。这个方法基于孟德尔遗传学原理,即遗传变异与环境因素的分布是独立的。通过利用与感兴趣的暴露因素相关的...
孟德尔随机化 单细胞 孟德尔随机化是一种实验设计方法,用于减少实验结果的偏差和提高实验的可靠性。在单细胞实验中,孟德尔随机化可以通过以下步骤实施: 1. 确定实验目的和研究问题:首先需要明确实验的目的和研究问题,例如研究某种药物对单细胞的影响。 2. 设计实验组和对照组:根据研究问题,将实验对象分为实验组和对照...
鉴定出9个与中性粒细胞炎症相关的枢纽基因，其中5个基因与COPD患者肺功能呈负相关。通过孟德尔随机化分析进一步确认NAMPT和PTGS2是COPD的危险因素，为COPD中性粒细胞炎症和肺功能的检测提供了新的方法。这是非肿瘤疾病生信分析中的典型思路，从通路筛选到鉴定出与疾病相关的特征基因，随后以可获得的临床样本进行验证。
作者注意到,在使用细胞类型eQTL数据进行的SMR中,有17个基因(图2B,ABCB9、ASPHD1、CYP7B1、DDHD2、FAM114A2、GATAD2A、GLT8D1、GNL3、LRRC37A、LRRC37A2、MAPK3、MAPT、NSF、OGFOD2、RERE、RNASEH2C和SLC9B1)也在基于组织总量eQTL数据的SMR中被确定;而有38个基因(图2A)在单细胞数据中具有特异的显著性...