Monocle包是分析单细胞测序的工具。 Monocle引入了在伪时间(拟时间)内对单个细胞排序的策略,利用单个细胞的非同步进程,将它们置于与细胞分化等生物学过程相对应的轨迹上。Monocle利用先进的机器学习技术(反向图嵌入)从单细胞数据中学习显式的主图(展现细胞转录特征相似性关系的图,Monocle2使用DDTree降维图,Monocle3使用...
测试数据来源于2017 年北大徐成冉课题组发表在《Hepatology》杂志上小鼠胚胎E10.5-E17.5双潜能的成肝细胞分化为肝实质细胞和肝内胆管细胞的表达数据(GSE90047)。可以在GEO中通过输入GSE90047下载单细胞的表达矩阵。 # TPM矩阵(行为基因名,列为细胞名)expr_matrix<-read.table("0.data/scRNA-seq_TPM_GSE90047.xls"...