Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun。 一、mkfastq拆分数据: image.png 将10x sequencing后的BCLs文件转换为fastq文件。 cellranger mkfastq--id=bcl \--run=/path/to/...
在教程:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本和seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比我也给出了后续R代码读取10x单细胞转录组数据的3个文件的表达矩阵。 如果是10x的单细胞公共数据 比如GSE128033 和 GSE135893,就是10x数据集,随便下载其中一个,就能看到每个样本都是走流程拿...
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一文打通单细胞上游:从软件部署到上游分析 prefetch官网说明 cellranger官网说明 本教程是基于下载NCBI公共数据库10x单细胞数据sra文件,进行解压合并和重命名,最后运行cellranger得到单细胞表达矩阵。 第一步、下载和安装prefetch软件; 第二步、解压sra文件,如有特殊情况需要对测序文件进行合并,依据cellranger的要求对文件进...
主要是因为对计算资源的消耗,实验室搭建上游流程成本太高,还不如一次性付费让公司做出来表达矩阵给到你后下游慢慢探索。 但是懂上游分析流程有助于你更好的认识你的单细胞数据! 为什么10x单细胞转录组表达矩阵有3个文件 因为10x单细胞转录组表达矩阵里面的0值非常多,所以换成3个文件存储更节省空间。
实际上你需要理解的就是10x数据和Smart-seq2技术啦,最常用而且最常见!上游分析流程我们分开讲解,在群主的7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费)视频里面演示的其实是Smart-seq2技术的单细胞转录组数据处理,而且仅仅是半个小时的教学,其实是需要你有非常多的背景知识才可能看得懂。
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