在教程:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本和seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比我也给出了后续R代码读取10x单细胞转录组数据的3个文件的表达矩阵。 如果是10x的单细胞公共数据 比如GSE128033 和 GSE135893,就是10x数据集,随便下载其中一个,就能看到每个样本都是走流程拿...
一文打通单细胞上游:从软件部署到上游分析 prefetch官网说明 cellranger官网说明 本教程是基于下载NCBI公共数据库10x单细胞数据sra文件,进行解压合并和重命名,最后运行cellranger得到单细胞表达矩阵。 第一步、下载和安装prefetch软件; 第二步、解压sra文件,如有特殊情况需要对测序文件进行合并,依据cellranger的要求对文件进...
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实际上你需要理解的就是10x数据和Smart-seq2技术啦,最常用而且最常见!上游分析流程我们分开讲解,在群主的7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 视频里面演示的其实是Smart-seq2技术的单细胞转录组数据处理,而且仅仅是半个小时的教学,其实是需要你有非常多的背景
单细胞实战(一)数据下载 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果 而且10X的单细胞转录组数据的文章都已经快1000篇了,但凡你认真一点看看文献也基本上可以看到上游数据分析描述(文献描述肯定是...
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