我们现在做的就是通过分析不同物种的基因组内的单拷贝同源基因,并且通过拼接将这些基因连接成一个新的基因序列,用于比对和构建进化树或进一步的生信分析。 单拷贝直系同源基因构建进化树的主要步骤如下。 1. 准备好不同物种的序列文件,预测基因组的蛋白序列 prodigal (已知蛋白序列不用) 2. 单拷贝同源基因搜索 ortho...
1.建树进入到Single_Copy_Orthologue_Sequences文件夹中 ls *fa|while read file;do mafft --auto $file > $file.aln;done ls *aln|while read file;do seqkit sort $file|seqkit seq -w 0 > $file.format;done rm *.aln find *format | xargs paste -d " " > ../all.single.copy.aln.fa &&...