单拷贝直系同源基因构建进化树的主要步骤如下。 1. 准备好不同物种的序列文件,预测基因组的蛋白序列 prodigal (已知蛋白序列不用) 2. 单拷贝同源基因搜索orthofinder 用于分析物种基因组中的单拷贝同源基因 使用命令:orthofinder -t 4 -a 2 得到的分析结果最好将序列ID重新命名一下,可以用seqkit、TBtools等软件批量...
构建单拷贝直系同源基因进化树主要步骤包括：准备不同物种序列文件、预测蛋白序列、使用orthofinder搜索单拷贝同源基因、拼接单拷贝基因成新序列、序列比对、修剪保留保守区域、构建系统发育树。分析过程通常在Linux系统中进行，物种数量和基因组数据大时，耗时和内存需求相应增加。完成的进化树可借助美化软件或使用...
1.建树进入到Single_Copy_Orthologue_Sequences文件夹中 ls *fa|while read file;do mafft --auto $file > $file.aln;done ls *aln|while read file;do seqkit sort $file|seqkit seq -w 0 > $file.format;done rm *.aln find *format | xargs paste -d " " > ../all.single.copy.aln.fa &&...