这篇推文主要探讨下WGCNA如何处理分类性状。 eigengenes可以代表某个模块,在计算出模块的eigengenes后,下一步就是探索eigengenes和性状之间的关系,也就是模块和性状之间的关系。 大家见到的比较多的是计算相关性,此时需要性状是数字才行。但是大家的性状有很多分类变量,此时应该如何处理呢? 以下是常规的分类变量处理原则: 如果
binarizeCategoricalVariable()是针对1个变量的,通常我们的性状数据都是包含在1个数据框中的,并且可能同时有多个分类变量,此时可以使用binarizeCategoricalColumns()。 比如,对于我们之前用过的datTraits这个性状数据,我们假设其中的stage和msi是无序多分类变量,然后对这两个变量进行转换: 代码语言:javascript 代码运行次数:...
binarizeCategoricalVariable()是针对1个变量的,通常我们的性状数据都是包含在1个数据框中的,并且可能同时有多个分类变量,此时可以使用binarizeCategoricalColumns()。 比如,对于我们之前用过的datTraits这个性状数据,我们假设其中的stage和msi是无序多分类变量,然后对这两个变量进行转换: load(file ="../000files/wgcna...
最有用的分类性状是共有衍征，共有衍征是起源于一个共有祖先并且为其所有的后裔所共有的性状。简单粗暴的解释一下就是一个祖宗的所有后代均具有的性状，该性状是源于他们老祖宗的性状，那么依靠这样性状就可以把老祖宗和其子代归为一个大家族。这样的性状就是他们这个大家族血缘关系的证明或者说是纽带。非同源相似...
鱼类分类鉴定的性状依照形态学与解剖学特征划分。 1. **外部形态**包括体型(纺锤形/侧扁等)、鳞片覆盖方式(圆鳞/栉鳞)、侧线走向与完整性,直接决定初步分类。 2. **鳍的性状**为核心指标,如背鳍是否连续、鳍条数目(硬棘与软条比例)常被写入分类检索表。 3. **头部特征**涵盖口裂方向(上位/下位)、触须...
性状及其分类 主要内容 一性状 二单位性状与相对性状三显性性状与隐性性状 四质量性状与数量性状 一、性状 二、单位性状与相对性状性状（character）：是生物体所表现的形态特征和生理特性的总称。孟德尔将性状分为显性性状与隐性性状。二、单位性状与相对性状二、单位性状与相对性状如，豌豆的红花与白花，人的单双眼皮...
药品的分类 药品按照性质分类包括中药材、中药饮片、中成药、中西成药,化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、放射性药品、血清、疫苗、血液制品和诊断药品等。 药品性状分类 片剂 肠溶片、包衣片、薄膜衣片、糖衣片、浸膏片、分散片、划痕片、缓释片、缓释包衣片、控释片 ...
个等级。最极端的是一个阈值的性状,称为“全或无”性状,如存活 与死亡,发病与不发病等。 分类性状(categoricaltrait) 可归为质量性状。例如根据人类的ABO血型系统,可以把所有人 群的每个个体分为A型、B型、O型和AB型。由单基因决定的孟德尔遗 传的性状,显性与隐性也可看成是分类性状。
由多对基因控制的性状有：肤色、血压，身高，体重，智商等。由单基因控制的性状有：有、无腋臭，单、双眼皮，有、无耳垂，长、短睫毛，直、钩鼻尖 由多基因控制的
plink分析二分类性状GWAS时如何处理缺失数据? 二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。 plink的语境叫“case and control”,其中0和-9都表示缺失。可以选择的方法有卡方检验和逻辑斯蒂回归(X2关联分析和logistic分析)。 「--assoc」,不允许有协变量; 「--logistic」,...