二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。 plink的语境叫“case and control”,其中0和-9都表示缺失。可以选择的方法有卡方检验和逻辑斯蒂回归(X2关联分析和logistic分析)。 「--assoc」,不允许有协变量; 「--logistic」,允许有协变量,如果考虑协
这篇博客,用之前GWAS教程中的示例数据(快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程),把数据分为Base数据和Target数据,通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析,然后通过PRSice-2软件,进行PRS分析。最终,选出最优SNP组合,并计算Target的PRS得分,主要结果如下: 最适合的SNP个数是133个,R2位0.232258,P值为0.014 $headPRSice...
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如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分 这篇博客,用之前GWAS教程中的示例数据,把数据分为Base数据和Target数据,通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析,然后通过PRSice-2软件,进行PRS分析。最终,选出最优SNP组合,并计算Target的PRS得分,主要结果如下: 最适合的SNP个数是133个,R2位0.232258,P值为...
001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls## 测试数据gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4#plink --file gwas_test --assoc --outtest1> /etc/null ## 关联分析root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped test.assoc test.log ...
解析 ◎知识点二:相对性状 1.定义:同种生物 同一 性状的不同表现类型,称为相对性状。 2.分类:显性性状和隐性性状。 (1)显性性状:具有一对相对性状的两个个体杂交,在杂种子一代中 表现 出来的性状。 (2)隐性性状:子一代 未表现 出来的性状。
(2)黄腹角雉腹部羽毛呈皮黄色,这一性状是由基因控制的。 [分析]黄腹角雉:是鸟纲、雉科中国特产的一种鸟类。体长约50-65厘米。雄鸟上体栗褐色,满布具黑缘的淡黄色圆斑。头顶黑色,具黑色与栗红色羽冠。飞羽黑褐带棕黄斑。下体几纯棕黄,因腹部羽毛呈皮黄色,故名“黄腹角雉”。 结合二歧分类检索表和基因相关...
以下是使用SPSS进行单倍型-二分类性状的logistic回归的步骤：1. 将数据导入SPSS中，打开“变量视图”并...
这篇博客,用之前GWAS教程中的示例数据(快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程),把数据分为Base数据和Target数据,通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析,然后通过PRSice-2软件,进行PRS分析。最终,选出最优SNP组合,并计算Target的PRS得分,主要结果如下:
所属专辑:《物种起源》达尔文(全本完) 音频列表 1 第十二章第三节其他一些分类要素 226 2018-01 2 第十二章第二节分类的规则及具有分类价值的性状 239 2018-01 3 第12章具有亲缘关系的物种的分类第一节生物之群下有群 257 2018-01 4 第十一章第七节南北半球的冰河交替 ...