我们可以采用蛙跳算法完成这部分积分运算。虽然蛙跳算法的会损失部分精度,但相比于其他更精准的算法,它在长时间分子动力学模拟中的表现更好。 2. 蛙跳算法原理 蛙跳算法 (Leap-frog Algorithm),通常也可以称为蛙跳积分 (Leap-frog Integration)。 2.1. 原理图 我们需要注意的是,速度通常在 half-step 处进行更新,而...
在分子动力学（MD）模拟中，我们需要使用势函数来计算原子的加速度，进而计算原子的位置。这一过程涉及到对加速度的积分运算，以求解原子的位置。由于蛙跳算法在长时间模拟中的表现优于其他更精确的算法，因此被广泛应用于这一领域。蛙跳算法，又称蛙跳积分，其核心在于速度、位置和加速度在更新时的不同步...