分子动力学(MD)是一种通过计算机模拟技术来研究分子在原子层面上运动规律的方法。它通过求解牛顿运动方程,模拟分子系统随时间演化的过程,使得研究人员能够观察到分子结构的动态变化,并能在微观尺度上理解生物分子的物理性质。随着计算精度和性能的逐步提升,分子动力学模拟在生物体系研究及药物研发中正得到越来越广泛的应用...
温度，能量-时间信息在OSZICAR里面，可以用grep提取。2. 一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线？不懂什么意思，RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到，这块不太懂。3. VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么？尤其是不懂selection1、selection2如...
分子动力学模拟为在飞秒时间尺度和原子空间尺度研究大分子功能性变构提供了可能。但其有明显局限性:首先,感兴趣的变构动力学大部分发生在毫秒量级,由于计算资源的限制和精度要求,近百万原子的动力学模拟很难达到这个时间量级;其次,分子动力学的输出轨迹是一个高维数组,限制了我们对于生物机理的理解。 图1. 动力学过...
[高分子] 想请问大家界面聚合形成的厚膜想拍SEM是磨成粉还是把膜贴到导电胶上 +3 jk7754 2024-12-05 3/150 2024-12-05 23:15 by 花开白也 [论文投稿] 状态Editor Assigned持续一个月 +6 我要飞 2024-12-04 7/350 2024-12-05 21:00 by 独孤神宇 [考博] 欢迎博士报名 +4 741ijn 2024-12-03...
通过一个具有锥形交叉的二维线性三原子ABA的模型系统,研究者展示了在有、无几何相位积累的情况下,轨线系综的方法能够准确地捕捉到相位变化。图1和图2展示了总核波函数和轨线在不同的演化时间的分布情况,以及布居 (ρ)、相干 (α) 和几何相位 (ϕg) 的演化,展示了几何相位在分子动力学中的作用。
分子动力学是一种从原子、分子尺度研究材料性质的科学。在分子动力学的计算中,利用原子间的相互作用势以及每个原子的坐标,通过求解经典力学方程可以求出作用在每一个原子上的合力,计算每个原子的速度、位置,以及随时间的演化、模拟原子运动的轨迹,最终根据统计力学方法,得出体系的物化性质(热力学、动力学)。分子动力学...
分子动力学可以用于NPT,NVE,NVT等系综的计算,是一种基于牛顿力学确定论的热力学计算方法,可以广泛应用于物理,化学,生物,材料,医学等各个领域.目前由于计算机性能的限制,其可计算的尺寸还很小,一般计算的粒子数会不会超过5位数,计算的尺寸一般只有几十纳米甚至更小确定起始构型进行分子动力学模拟的第一步是确定起始构...
本文从教学的角度出发,解读分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟在金属玻璃黏弹性力学行为中的应用.采用MD模拟从原子尺度分析金属玻璃的微观结构,为深入理解金属玻璃黏弹性行为等提供了新的视角.蠕变,应力松弛以及动态滞后等是黏弹性材料的典型特征,其在金属玻璃中均可以归为弛豫行为,即亚稳态的原子构型在外力刺激下...
本发明属于分子动力学模拟,具体涉及一种分子动力学模拟水合肼在发射药中扩散过程的方法。 背景技术: 1、燃烧渐增性发射药可以有效提高身管武器的综合性能,发射药的能量释放渐增性是通过调控发射药在燃烧过程中燃气释放规律来实现的。梯度硝基发射药作为新型的燃烧渐增性发射药,是采用化学裁剪的方法,利用皂化剂将发射...