分子动力学模拟为在飞秒时间尺度和原子空间尺度研究大分子功能性变构提供了可能。但其有明显局限性:首先,感兴趣的变构动力学大部分发生在毫秒量级,由于计算资源的限制和精度要求,近百万原子的动力学模拟很难达到这个时间量级;其次,分子动力学的输出轨迹是一个高维数组,限制了我们对于生物机理的理解。 图1. 动力学过程的时间尺度。全原子
而且明确这一配合物不寻常的动力学行为,甚至找到控制它的有效方法,对指导设计具有预设物理特性的新SCO材料至关重要。 在上述工作基础上,该课题组引入不同尺寸且SCO惰性的金属离子对材料进行稀释(图1),通过Ni(II)和Zn(II)与高、低自旋态时Fe(II)尺寸匹配差异(Ni(II): 83pm;Zn(II):88pm;低自旋Fe(II):75 ...
你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求，就要自己对原子进行重新定义。如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in：&controlcalculation='cp',restart_mode='from_scratch',nstep=20, iprint=20, isave=20,dt...
电脑配置为7950X+4080S,主板是华硕TUF B650M-重炮手WiFi DDR5,水冷系统为瓦尔基里E360 ARGB。在进行分子动力学模拟时,观察到温度逐渐升高,尤其是在进行大规模计算时。模拟过程中,温度达到了76℃,这可能会对硬件造成损坏。根据模拟的进度,可以看到温度变化与模拟的步骤和PME网格的大小有关。例如,在步骤4100时,PME网...
分子动力学(MD)是一种通过计算机模拟技术来研究分子在原子层面上运动规律的方法。它通过求解牛顿运动方程,模拟分子系统随时间演化的过程,使得研究人员能够观察到分子结构的动态变化,并能在微观尺度上理解生物分子的物理性质。随着计算精度和性能的逐步提升,分子动力学模拟在生物体系研究及药物研发中正得到越来越广泛的应用。
分子动力学模拟和结合自由能计算显示,与参考化合物甘氨胆酸(Gly - MCA)相比,有 5 种复合物更稳定,其中 HMDB0253354(氟维司群)和 HMDB0242367(ZM 189154)因其结合自由能脱颖而出。疏水相互作用,特别是涉及蛋氨酸 328(MET328)、苯丙氨酸 329(PHE329)和丙氨酸 291(ALA291)残基的相互作用,有助于其稳定性。这些...
pw.x<si.md2.in>si.md2.out (2)8原子的Si晶体分子动力学 同上,只不过原子数变多了,但是两个算例给出的最后结果是不同的,因为选取的布里渊区是不一样的: ATOMIC_POSITIONS(alat)!2原子Si-0.1233927341-0.1233927335-0.1233927374Si0.12339273410.12339273350.1233927374kineticenergy(Ekin)=0.00032949Ry tempe...
本发明属于分子动力学模拟,具体涉及一种分子动力学模拟水合肼在发射药中扩散过程的方法。背景技术、燃烧渐增性发射药可以有效提高身管武器的综合性能,发射药的能量释放渐增性是通过调控发射药在燃烧过程中燃气释放规律来实现的。梯度硝基发射药作为新型的燃烧渐增性发射药,是采用化学裁剪的方法,利用皂化剂将发射药表层...
3、步骤一:建立水泥矿物相、水分子和外加剂的分子动力学模型,构建矿物相分子、水分子和外加剂分子,在nvt系综下弛豫至体系整体达到稳定状态; 4、步骤二:对上述建立的分子动力学模型中的每个原子施加力,力场的形式如下式所示:;式中,表示总势能,表示键合能量项,包括键伸缩、键角、二面角以及高级交叉项,表示非键合能...
基于上述策略,他们以硫氰酸根离子为端基配体,通过试验合成得到了一例符合上述预期的离子型共晶化合物(Me3NH)4[Ni(NCS)6]。研究表明,该化合物能够发生有序-无序型结构相变,并且其TS的大小可以通过改变外加电场的频率来调控。变温结构分析及分子动力学模拟进一步从微观分子水平上揭示了内在的介电转换机制。