分子动力学法是一种计算机模拟实验方法，是研究凝聚态系统的有力工具。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。广泛应用于材料科学、生物物理和药物设计等。定义 分子动力学法(MD，MolecularDynamicsmethod)，是用计算机模拟的一种，是调查物质诸性质...
分子反应动力学（Molecular Reaction Dynamics）又称微观反应动力学。是从原子、分子的微观性质出发，分析分子间的运动及其相互作用，从而深刻地认识化学反应的本质及其规律的一门学科。分子反应动力学研究建立在现代物理有关分子、原子、激光与激光理论、分子束、能谱等实验技术及电子计算机技术基础之上。它应用现代物理化学...
在分子动力学模拟中,"cubic unit cell"(立方晶胞)是指模拟系统中的一个具有立方对称性的基本单元。这个立方晶胞用于描述周期性边界条件下的模拟空间。 周期性边界条件(Periodic Boundary Conditions, PBC)是分子动力学模拟中常用的一种技术,用于模拟具有无限大、均匀性质的系统,同时避免模拟过程中出现的边界效应。其核心...
分子模拟主要包括分子力学 (Molecular Mechanics, MM)、蒙特卡洛 (Monte Carlo, MC)模拟、分子动力学 (Molecular Dynamics, MD)模拟、量子化学计算、第一性原理分子动力学 (Ab Initio Molecular Dynamics, AIMD)、粗粒化模型 (Coarse-Grained Models)以及自由能计算等方法 (图 1)，其中应用较为广泛的是分子动力学...
分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套结合物理,数学和化学的综合分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,计算体系的热力学量和其他宏观性质。引入量子力学方法后,可将研究领域进一步扩展到反应机理的研究。 分子动力学法是一种计算机模拟实验方法...
分子动力学模拟简介 分子动力学模拟是一种以分子的经典力学（分子力场）模型，通过数值求解分子体系的运动方程，研究分子体系的结构与性质的计算机模拟方法。分子动力学模拟的本质就是通过宏观性质来研究微观粒子的一种方法，这种方法使用牛顿运动定律来追踪分子体系中每个原子随时间的运动。分子动力学模拟是分子模拟中最接近...
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Roberto Car和Michele Parrinello于1985年发表了论文《分子动力学和密度泛函理论的统一方法》,创造性地提出了Car-Parrinello分子动力学方法,首次在密度泛函理论这一量子力学方法的精度下实现了分子动力学模拟,由此开创了从头算分子动力学(ab initio molecular dynamics)这一领域,使得通过计算模拟研究材料的许多重要性质成为可...