AmberTools 提供了许多附加工具,但主程序是商业软件。🔹 Schrödinger (Desmond) 💪 优点:Schrödinger 公司开发的 Desmond 是一个高效的分子动力学模拟引擎,集成在 Schrödinger 套件中,主要用于药物设计和分子建模。与其他工具(如 Glide)紧密集成。 📚 主要用途:主要在药物设计、分子筛选和化学模拟中应用,尤其...
Amber分子动力学模拟软件由AmberTools22和Amber22组成,AmberTools22(开源的)是由几个独立开发的软件包组成,这些软件包可以单独使用,也可以与Amber22一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟,包含:1. Leap:用于准备分子系统坐标和参数文件,有两个程序:xleap:X-windows版本...
在实际模拟中，一个系统可能包含几千到几十万个原子，同时可能需要模拟几十万步或者更多，所以我们需要用专门的可进行并行计算的仿真软件对系统进行模拟。分子动力学模拟 最常用的分子动力学仿真软件为LAMMPS，即为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator的缩写。LAMMPS为美国Sandia国家实验室所开发的开...
📊 MATLAB:除了LAMMPS,MATLAB也是一种常用的分子动力学模拟软件。它适用于各种建模和后处理任务,能够计算热物性和微结构方面的参数,如热导率(采用三种不同的非平衡分子动力学方法)、粘度、比热以及动能和势能等。💾 其他建模软件:除了LAMMPS和MATLAB,还有其他一些建模软件也支持分子动力学模拟,如Materials Studio等。
LAMMPS,全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,是一个开源的粒子模拟软件包。它是一种经典的分子动力学模拟软件,可以模拟包括原子、分子和一些粒子模型在内的多种体系。LAMMPS支持多种计算模式,包括分子动力学、蒙特卡洛模拟以及分子构象搜索等。它具有高性能和可扩展性,可以在单机上运行,也可以...
J-OCTA 通过在共享平台上与面向各尺度开发的模拟器合作,为材料设计与素材开发提供最尖端的技术支持。分子动力学模拟(COGNAC, VSOP) 从原子分子的层面上来评价和预测材料的静态动态特性。 可支持从全原子模型(处理所有原子的详细模型)到粗粒化模型(将原子的集合体作为一个单元进行处理的模型)的各种类型的模型。
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
1.2 AMBER分子力学模拟的计算特点与硬件推荐 AMBER(Assisted Model Building with Energy Refinement)是一个用于分子力学模拟的软件套件,主要用于研究生物分子的结构、动力学行为和相互作用。 AMBER的算法: No 算法种类 算法功能说明 1 分子力场 AMBER提供了一系列分子力场参数集,用于描述生物分子中原子之间的相互...
分子动力学模拟软件GROMACS的安装 GROMACS是常用的分子动力学模拟软件之一,利用GPU加速可较快地运行模拟。 在作者进行的不严谨的速度测试中,模拟的包含水分子在内的约6万个原子的蛋白质体系,24核CPU上速度约20 ns/day,利用-pme gpu -nb gpu -bonded gpu -update gpu 将主要任务均加载中GPU上时,利用T4速度约80...
VMD是一款非常小而精致的可视化工具,也是业界常用且功能强大的分子动力学可视化软件。本期内容小编就为大家介绍下这款软件的图片导出方法。 1.文件导入 首先查看.gro文件,分析数据的组成,以此决定VMD可视化需建立的图层数量(区分溶剂和分子) 2.建立图层 在VMD中导入.gro文件,打开Graphics—Representations模块,Create Rep...