GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
安装gromacs文件之前需要以下几个软件: (1) cmake软件安装 sudo apt-get install cmake (2) vim文本编辑器(后续使用软件的时候需要) sudo apt-get install vim (3) pymol sudo apt-get install pymol (4) grace sudo apt-get install grace (5) gromacs安装 tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz #解压软件...
最近在做蛋白与小分子复合物的动力学模拟,学习了Gromacs的用法,以此记录一下。这里贴出Gromacs的官方文档http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html,有兴趣的同学可以复现一遍。0. Gromacs在Windows下的安装打开http://sobereva.com/458网址,找到sobereva老师编译的版本,按需下载。这里我下载的是2020.6 CUDA加...
GROMACS是免费开源的分子动力学软件,目前最新版本是2022.1。 1. 服务器选择 根据需要选择GPU服务器,在配置时选择后台安装CUDA驱动,建议选择较新版本驱动及CUDA,对GROMACS-2022而言,需要CUDA版本大于11.0。官网说明11.3可能安装有问题,未测试;已测试11.0及11.4安装GROMACS2022.1可成功。按以下操作在Ubuntu或CentOS操作系统中...
GROMACS(GROningen MAchine for Chemical Simulations)是一款通用软件,用于对具有数百万颗粒子的系统进行基于牛顿运动方程的分子动力学模拟。 GROMACS主要用于生物化学分子,如蛋白质、脂质等具有多种复杂键合相互作用的核酸分析。GROMACS计算典型的模拟应用,如高效地计算非键合相互作用,许多研究人员用其研究非生物系统的聚合物...
Gromacs是一个用来进行分子动力学模拟的软件。可以使用Gromacs进行模拟研究的生物化学分子包括蛋白质,脂,核酸甚至是一些非生物来源的分子,多聚物等等。Gromacs是一个免费开源的软件,官方网址Gromacs - Gromacs。在官网中可以下载到Gromacs最新及历史版本的软件程序以及安装说明,用户手册,使用案例,常见问题等。 使用Gromacs的...
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同,AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场(详见http://sobereva.com/115),如GAFF力场,简单而又有不错的精度,适合处理有机小分子;这里将介绍用Gaussian计算RESP电荷,交由Amber生成GAFF力场下的拓扑文件,最后用GROMACS模拟的过程。
Gromacs是一个免费而强大的分子动力学模拟软件,安装简单上手困难哈哈,先安装好再教你们怎么用。 知识 野生技能协会 生物 科研 生物信息学 SCI 分子动力学 实验室 分子模拟 分子对接 gromacs 测试狗科研服务 02:24 AI蛋白设计3-alphafold3介绍 邱新龙-凯算计算 ...
分子动力学简介(GROMACS软件)1.1分子动力学基本原理1.2 Linux 系统介绍1.3 分子动力学软件介绍(Gromacs)Gromacs 进行分子动力学模拟2.1 配体分子的处理2.2 蛋白结构的处理2.3 修改蛋白坐标文件2.4修改拓扑文件2.5构建盒子并放入溶剂2.6平衡系统电荷2.7能量最小化2.8 NVT平衡2.9 NPT平衡2.10 产出动力学模拟分子动力学结果分析...
1，这套配置能兼顾这两项需求吗？（数值计算（用C++,MATLAB）,分子动力学模拟（gromacs））2，这套...