由于D值严格依赖于等位基因频率(allele frequency),故不适合应用于表述实际的LD强度,最常用度量LD的是D’和r2,两者都基于D。D’反应群体的重组历史,适用于研究群体连锁不平衡程度,r2反应等位基因相关程度,适用于GWAS。LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平;Haplotype Block中通常采用D'来定义Block;迁移、突变、...
连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)分析是群体遗传学研究中常见的分析内容,也是关联分析的基础,在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图,接下来一起连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)初探。 图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块 1、LD的概念 当位于某一座位的特定等位基...
由于D值严格依赖于等位基因频率(allele frequency),故不适合应用于表述实际的LD强度,最常用度量LD的是D’和r2,两者都基于D。D’反应群体的重组历史,适用于研究群体连锁不平衡程度,r2反应等位基因相关程度,适用于GWAS。LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平;Haplotype Block中通常采用D'来定义Block;迁移、突变、...
2.2 标准化指标：D’和r2 由于D值严格依赖于等位基因频率（allele frequency），故不适合应用于表述实际的LD强度，最常用度量LD的是D’和r2，两者都基于D。D’反应群体的重组历史，适用于研究群体连锁不平衡程度，r2反应等位基因相关程度，适用于GWAS。LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平；Haploty...
连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)分析是群体遗传学研究中常见的分析内容,也是关联分析的基础。 连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)分析是群体遗传学研究中常见的分析内容,也是关联分析的基础,在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图,接下来一起连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)初探。
连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)分析是群体遗传学研究中常见的分析内容,也是关联分析的基础,在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图,接下来一起连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)初探。 图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块 ...