对于普通转录组来说:bulk-RNA-seq其实是所有分析流程中最简单的了,需要考虑的要点其实非常少,但是也不是说完全不用考虑,下面我分几点说一下吧。 测序的质量 现在基本上二代测序都是测得150bp了,而且还是双端的,所以大家拿到数据后首先是习惯性做一下fastqc,首先看一下碱基是否平衡,看一下GC含量是否符合一定的比...
RNAseqQC:一个用于RNA-seq数据质控评估的R包 RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令: install.packages...
《高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究》是依托南京航空航天大学，由刘学军担任项目负责人的面上项目。项目摘要 高通量RNA-Seq测序技术近年来大量应用于基因表达水平（GEL）的测量，GEL计算的准确性对后续分析正确得出生物学结论具有至关重要的作用，但该技术中各种系统噪声的存在为GEL的计算带来了挑战。现有方法...
用FPKM数据或者RPKM数据。
2017 - Science - Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors : UCSC hg19 transcriptome; RSEM; TPM; 可行但是不完美,建议用count 2017 - Cell - Single-Cell Analysis of Human Pancreas Reveals Transcriptional Signatures of Aging and Somatic Mutation...
《基于高通量RNA-seq数据转录组拼接的关键技术与算法研究》是依托山东大学，由李国君担任项目负责人的重点项目。中文摘要 研究表明癌症等复杂疾病与转录过程中的可变剪接密切相关，因此认知转录产物的种类、特异性及表达量对于癌症机理研究及临床诊断具有重要意义。高通量的RNA-seq测序技术为揭示和研究真核生物转录组...
《高通量RNA-Seq数据的偏差建模和差异表达基因识别》是依托厦门大学，由王颖担任项目负责人的青年科学基金项目。项目摘要 本项目对高通量RNA-Seq数据的偏差建模和差异表达基因识别展开研究。本项目将碱基视为信息处理的基本单位，而外显子、基因等都可视为碱基单元的某种积分。分析偏差时，将可能的偏差因素作为解释变量，...
《仅基于RNA-Seq数据拼装可变剪接转录组的计算方法研究》是依托山东大学，由李国君担任项目负责人的面上项目。中文摘要 可变剪接是指从一个前体mRNA中通过不同的剪接方式产生不同的成熟mRNA的过程。可变剪接是调控基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制。在人类基因组中，大约95% 的多外显子基因中存在可变剪接。基...
《RNA-seq 数据分析实用方法》是科学出版社出版的图书，作者是[芬]E.科佩莱恩，[芬]J.图梅拉，[芬]P.萨默沃，[瑞典]M.赫斯，[芬]G.旺 内容简介 本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的...