ATAC-seq是一种创新的表观遗传学研究技术,该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 染色体主要由DNA和蛋白质组成,每一条染色单体由单个线性DNA分子组成,细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,包装分为多个水平,核小体核心颗粒(nucleosome ...
ATAC-Seq的原始发明者,Jason Buenrostro和他的同事,在《Nature》发文表示正着手通过修改ATAC-Seq的实验步骤使其适应单细胞分析。他们最初的实验使用了Fluidigm的微流体平台来帮助他们研究单细胞。但是当今许多单细胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)实验步骤都使用10X Genomics平台。分离单个细胞后,将它们用Tn5转座酶标记,并使用具有...
ATAC-seq全称:Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括:高活性的 Tn5 转座酶将测序接头插入OCR,然后测序,推断染色质区域的调控因子结合位点,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。 基本概念: l DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质...
ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。 ATAC...
ChIP 测序，也称为 ChIP-seq，是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析...
ATAC-seq，全名为Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，是由美国斯坦福大学的William Greenleaf教授于2013年所研发的全新表观遗传学研究方法。通过利用DNA转座酶结合高通量测序技术，该技术旨在研究染色体的可及性，揭示基因组中所有活跃转录的调控序列。ATAC-seq技术的创新...
表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使...
ATAC-seq，全称"Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughput sequencing"，是一种高通量测序技术，用于揭示染色质区域的调控因子结合位点，以及转录因子对核小体位置的影响。其核心原理是利用活性的Tn5转座酶在开放染色质区域（OCR）插入测序接头，然后进行测序，从而推断可接近性区域的特征...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
ATAC-seq:(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等,ATAC-Seq...