在三维基因组生物学中,重复loop合并是指将重复的DNA序列在三维空间中相互靠近,并形成一个大的循环结构。这种重复loop合并在基因组中非常常见,对基因的调控和表达具有重要的意义。下面列举了十个关于重复loop合并的例子。 1. TAD边界的重复loop合并:在三维基因组中,染色体被分割成许多TAD(Topologically Associating ...
contains large loops anchored at CTCF-binding repeats. 作者对9种细胞系通过原位Hi-C技术捕获其三维结构。其中 人的淋巴细胞共获得了4.9 billion 有效reads数,分辨率达到了1kb,鉴定了～10,000个loop。这些loop往往和enhancer和promoter有关。loop anchor往往富集大量的CTCF结合位点(相向的能达到90%)。
有趣的是团队还发现了一些其他转录因子可能也在启动子和增强子上的染色质环产生影响,这些结果证明了使用DeepLoop对三维基因组的变化进行遗传学分析的可行性。 总而言之,DeepLoop可以从极低测序深度的Hi-C数据中稳定识别高分辨率下的三...