bam2fasta -o out.subreads.fasta in.subreads.bam 使用flye 组装基因组 由于运行时间较长,我们使用 tmux 软件,防止掉线。 tmuxnew-s assembly 安装flye 软件 conda install flye 开始组装,使用 4 个线程 cd/home/qi_zheng/PacbioGenomeAssemblyflye--pacbio-rawout.subreads.fasta--out-dir flye_ressembly_...
作者也选取了酵母数据库中的S288C的全部基因(6615个)用BWA比对到各个组装结果中以作为一个评判基因组组装结果的指标。 从上面的统计表中我们可以看到,在二代三代混合组装流程(PBcR-Miseq)相比于其他全三代数据组装流程,混合流程组装结果拥有最高的Identity,最少的错误组装和SNP/InDel,但是缺点也很明显,消耗更多的...
三代基因组测序技术原理简介 摘要:从 1977 年第一代 DNA 测序技术(Sanger 法)1,发展至今三十多年时间,测序技 术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。 虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置, 但第三和第四代测序技...
1.一种基于二代和三代测序技术的植物线粒体基因组组装方法,其步骤包括: (1)对样品dna进行二代测序,得到cleanreads; (2)对样品dna进行三代测序,得到cleanreads; (3)利用二代测序数据进行三代数据的校正; (4)利用构建好的植物线粒体编码基因数据库,使用此植物线粒体编码基因数据库中所有参考序列比对第(3)步...
6.步骤1:对病毒基因组进行二代测序,得到病毒基因组的二代测序数据;对病毒基因组进行三代测序,得到病毒基因组的三代单分子测序数据;通过病毒基因组的三代单分子测序数据与二代测序数列进行数据对比,并对三代测序序列进行数据纠错和组装,得到基因组的第一组装结果; ...
基于DBG(De-Bruijn graph)算法的流程: a) ABruijin 流程自带算法的流程: a) Miniasm(基于overlap延伸,无碱基矫正也无组装结果矫正) b) Racon(基于Miniasm组装结果进行矫正) 基因组测序篇 本次实验使用两个三代平台(RSⅡ、MinION)分别对酿酒酵母S288C、N44、CBS、SK1进行测序比试其测序结果如何,测序结果统计如下...
计划使用 flye 软件进行组装。如果是 hifi 测序,我们可以直接使用 bam 文件。对于常规建库(其实也就是普通ccs),那么需要先转换为 fastq 或者 fasta 文件。使用Pacbio 官方的bam2fastx软件。 安装bam2fastx condaconfig --add channels defaultscondaconfig --add channels biocondacondaconfig --add channels conda-fo...
基于DBG(De-Bruijn graph)算法的流程: a) ABruijin 流程自带算法的流程: a) Miniasm(基于overlap延伸,无碱基矫正也无组装结果矫正) b) Racon(基于Miniasm组装结果进行矫正) 基因组测序篇 本次实验使用两个三代平台(RSⅡ、MinION)分别对酿酒酵母S288C、N44、CBS、SK1进行测序比试其测序结果如何,测序结果统计如下...
计划使用 flye 软件进行组装。如果是 hifi 测序,我们可以直接使用 bam 文件。对于常规建库(其实也就是普通ccs),那么需要先转换为 fastq 或者 fasta 文件。使用Pacbio 官方的bam2fastx软件。 安装bam2fastx condaconfig --add channels defaultscondaconfig --add channels biocondacondaconfig --add channels conda-fo...
本发明涉及基因组测序数据从头组装的方法,特别是第三代测序数据和第二代测序数据的混合组装方法。第三代测序数据主要是由pacbio、nanopore或其他测序技术产生的超长读段,第二代测序数据主要是10xgenomics测序产生的链接式读段。结合高效率的组装软件——dbg2olc,极大的降低了测序成本和计算成本(尤其是第三代测序技术的...