近日深兰科学院深度学习科学家方林博士在比对武汉新冠病毒与其他病毒(比如SARS)基因片段时,便利用了计算机科学中的next 值概念和相关算法大大提高了长序列对比的速度。 用普通方法,长序列比对的时间复杂度是: 这使得长序列比对十分耗时。而长序列比对在科研工作中用途十分广泛,比如基因测序中的一个重要工作就是对两个...
当测序read和参考序列之间存在由变异导致的差别时,常规的双序列比对算法(pairwise sequence alignment algorithm)都会对此进行罚分,从而可能导致长reads比对到错误的repeat拷贝(图1)。 对此,Winnowmap2提出了MCAS(minimal confidently alignable substrings...
面向长基因组序列片段的快速比对算法研究.pdf,Classified Index: TP39 U.D.C: 004.9 Dissertation for the Master Degree in Science ONFASTLONGGENOMICSEQUENCE ALIGNMENT Candidate: Gao Yan Supervisor: Prof. Wang Yadong Academi DegreeAppliedfor: Master of Engin
内容提示: 于 基于 de Bruijn 图 图和 和 k-mers 序列比对的长序列 混合纠错算法 刘刚 二二○二二一年 七月 月 专业学位硕士学位论文 论文专业学位专业学位硕士论文硕士论文 基于基于de Bruijn图和图和k-mers序列比对的长序列混合纠错算法序列比对的长序列混合纠错算法 2021 万方数据 文档格式:PDF | 页数:59 ...
主流的二代测序序列找全比对算法采用种子扩展的方法,由于长种子索引存在空间开销大或检索时间长的问题,这类算法大多使用短种子而导致候选位置过多,增加了比对的时间成本.为此,提出一种基于长种子的找全比对算法,设计了一种空间开销低和检索时间适度的长种...
基于变长种子的找全测序序列比对算法研究及优化的开题报告 一、选题背景及意义 在生命科学中,对生物个体的基因组信息的 acquirement 和分析是 从事基因研究和基因医学的重要前提。找全测序是一种常见的测序方式, 其特点是将样本DNA 分割成短片段,进行高通量测序,并将其拼接成整 个基因组。然而,找全测序的结果在...
启发式序列比对算法种子长度及其灵敏度研究
百度试题 题目进行序列比对需要的两个要素是 A.得分矩阵B.比对算法C.物种信息D.序列长度相关知识点: 试题来源: 解析 A,B 反馈 收藏
BLAST是一种局部比对算法BLAST集成了多种不同的比对程序,用于实现不同的搜索目的BLAST过程随着查询序列长度的增加,比对速度会越来越快BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种相关知识点: 试题来源: 解析 BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种 反馈 收藏 ...
;BLAST是一种局部比对算法BLAST集成了多种不同的比对程序,用于实现不同的搜索目的BLAST过程随着查询序列长度的增加,比对速度会越来越快;BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种相关知识点: 试题来源: 解析 ;BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种 反馈 收藏 ...