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数据准备。一般是fastq格式文件，或者是从数据库白嫖来的转录组数据，通常为SRA格式，后期要转为fastq格...
进行RNA-seq转录组数据分析，通常有两种主要方法。一种是利用现成的软件进行分析，这种方式对新手友好，需要掌握的基本操作和原理。另一种则是自己下载并运行各种Linux程序，适用于有计算机编程基础及Linux命令操作能力的用户，对新手来说挑战较大。但无论是哪一种方法，都需要对RNA-seq测序原理和分析流程有...
然而,分析确实需要考虑测序深度和RNA组成。 为了对测序深度和RNA组成进行归一化,DESeq2使用了比率中位数法。在用户端只有一个步骤,但在后端有多个步骤,如下所述。 注意:下面的步骤详细描述了当你运行单个函数来获取DE基因时DESeq2执行的一些步骤。基本上,对于典型的RNA-seq分析,你不会单独运行这些步骤。 步骤1:...
跟着存档教程动手学RNAseq分析(三):使用DESeq2进行计数标准化 质量控制QC DESeq2工作流程中的下一个步骤是QC,它包括对计数数据执行样本级和基因级QC检查的步骤,以帮助我们确保样本/重复看起来良好。 img 样本水平QC RNA-seq分析的一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性: ...
提高靶向RNA-seq的发现能力 为了提高靶向RNA-seq的发现能力,Twist开发出一种特别的RNA靶向富集组合,其独特设计能够对蛋白编码转录本实现无假设捕获。这个被称为Twist RNA Exome的组合采用了捕获探针设计,促进了非预期转录本的捕获,包括选择性剪接转录本和融合基...
本研究对东方田鼠De novo转录组表征并进行RNA-seq分析，以确定OVC、OV、FTC和FT组织之间的遗传差异。结...
9.1 RNA-Seq分析(1) 本文将要介绍的是由Combine Australia所提供的一个针对有参基因组的基因差异表达分析流程。 9.2 RNA-Seq分析(2) 本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq 数据预处理的实战代码 9.3 RNA-Seq分析(3) 本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq 数据基因表达差异分析的实战代码 ...
单细胞水平的研究一直是近年来研究的热点,如单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞核测序等;多组学联用也是现在研究的趋势,为了解决在同一个单细胞水平能够进行多组学的检测,10x genomics在单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的基础上推出了...
按:RNA-seq 流程非常多样化,每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值,DESeq2 分析差异基因。这里把我方法跟大家共享。一来给新手一个指引,如果你毫无相关经验可以照着我这个出结果;二来抛砖引玉,如果你有相关经验欢迎一起交流进步。