在全长转录组基础之上,ONT-三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等 。
转录苗期rnaseqnovo组装teosinte 分类号华中农业大学硕士学位论文密级大刍草苗期转录组RNA-Seq数据的Denovo组装和分析DenovoAssemblyandAnalysisofTeosinteSeedlingTranscriptomeDefinedbyRNA--Seq研究生:肖之夏指导教师:**琏教授指导小组:张祖新教授高友军讲师专业:生物化学与分子生物学研究方向:玉米分子生物学获得学位名称:理学...
在细胞科学探究中,了解单个细胞随着时间推移如何生长、分化和变化,是揭示生命奥秘的关键。单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 技术使科学家能够详细分析单个细胞的基因表达情况,从而揭示细胞在不同状态下的动态变化。然而,由于测序过程会破坏细胞,导致无法追踪同一细胞在不同时间点的变化,这给研究细胞的成长轨迹和动态过程带来了...
1个R脚本搞定 TCGA差异分析 (limma、edgeR和DESeq2包使用指南)【生信私学】 生信私学 1869 2 03.TCGA数据下载和整理(mRNA),官网下载,R脚本自动提取和整理【双硫死亡联合NamiRNA生信分析套路】 生信私学 146 0 GEO数据下载和注释(GPL平台有Genesymbol),R脚本快速完成【生信私学】 生信私学 1591 0 如何用R语...
if(T){a=read.table('../GSE111229_Mammary_Tumor_fibroblasts_768samples_rawCounts.txt.gz',header = T ,sep = '\t')##每次都要检测数据a[1:6,1:4] ##对于a矩阵取第1~6行,第1~4列## 读取RNA-seq的 counts 定量结果,表达矩阵需要进行简单的过滤dat=a[apply(a,1, function(x) sum(x>1) ...
单细胞转录组测序(Drop-seq),单细胞核转录组测序(DroNc-seq),这两种技术都是基于微流控的3’末端RNA捕获测序技术(原理与10X相同)。 实验设计: 取iPSCs在分化成心肌细胞过程中的不同时间节点的样品,用Drop-seq和DroNc-seq分别进行测序。选择0、1、3、7和15天5个时间点为取样节点(Figure.1A)。
2019-07-27上传 基于转录组测序数据计算识别rna编辑位点和可变剪接事件 文档格式: .pdf 文档大小: 1.89M 文档页数: 50页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 0 评论次数: 0 文档热度: 文档分类: 幼儿/小学教育--教育管理 些!塑壁Co婴ut—atio—nalidentification堕必AeditingsitesandalternativesplicingevenmbyRNA-Seqda...
RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换 RNA-seq的counts值,RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
不是实验做不起,而是生信分析更有性价比 | 转录本定量是一种通过测序技术来确定基因表达水平的方法。它帮助我们了解基因在不同条件下的活动程度和调控模式,发现与疾病、发育和药物反应相关的差异表达基因,揭示基因剪切变异和转录本多样性,并为生物标志物鉴定和药物开发提供重要线索。通过转录本定量,我们可以深入探索基因...
文章图表复现: Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq to Analyse the Heterogeneity of Ovarian Cancer Immune Cells and Establish a Molecular Risk Model 生信技能树jimmy 2023/08/31 9640 单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组及染色质可及性分析15 命令行工具r 语言 单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组...