5.qRT-PCR验证 挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 图4 qRT-PCR表达水平验证 参考文献:Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat green...
转录组测序(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。qRT-PCR 是指通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。 RNA-seq无需知道实验样本的基因组序列含比传统...
5.qRT-PCR验证 挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 图4 qRT-PCR表达水平验证 参考文献:Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat green...
5.qRT-PCR验证 挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 图4 qRT-PCR表达水平验证 参考文献:Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat green...
如果进行RT-pcr验证,建议选择至少有一个样本的3次生物学重复的readcount≥20. 原始文献: Everaert C, Luypaert M, Maag J L V, et al. Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1): 1559. ...
因此，我们拿到RNA-seq与RT-PCR结果不一致的话：首先需要看进行不一致的程度分析： A.验证30个基因，25个表达趋势一致； B.验证30个基因，15个表达趋势一致； C.验证30个基因，5个表达趋势一致； D.验证3个基因，1个表达趋势...
如果进行RT-pcr验证,建议选择至少有一个样本的3次生物学重复的readcount≥20. 原始文献: Everaert C, Luypaert M, Maag J L V, et al. Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1): 1559. ...
因此,我们拿到RNA-seq与RT-PCR结果不一致的话: 首先需要看进行不一致的程度分析: A.验证30个基因,25个表达趋势一致; B.验证30个基因,15个表达趋势一致; C.验证30个基因,5个表达趋势一致; D.验证3个基因,1个表达趋势一致。 其次思考可能存在的原因在哪里? 如D情况,验证基因数太少,随机出现的概率会比较大,...