转录因子可以结合在基因上游特异的核苷酸序列上,以此调控基因的表达。基因转录调控网络描述转录因子及其调控的基因之间的关系。理论上,基因调控网络包含所有可能发生的基因调控关系和实现某种生物学功能的不同调控关系的组合机制。通过手工注释和高通量实验获得的基因调控关...
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。 主要的原理...
首先,了解转录因子调控网络的基本概念是非常重要的。转录因子调控网络是由转录因子与其调控的靶基因之间的相互作用构成的。通过了解转录因子与基因之间的调控关系,我们可以揭示基因调控网络的结构和功能,并深入探索细胞的生物学过程。 为了分析转录因子调控网络,我们需要使用大量的生物数据,其中包括基因表达数据、转录因子结合...
SCENIC流程的第一步是基于表达数据推断潜在的转录因子靶标。这可以通过GENIE3或GRNBoost完成这里我们需要输入的是:过滤后的单细胞表达矩阵 TF的列表(潜在的调控因子)这一步完成后将会输出一个相关性矩阵,以生成基因共表达模块Gene filter/selection运行GENIE3/GRNBoost之前需要先对表达矩阵进行过滤,过滤的条件包括:按...
文章切入的角度是目前创新的转录因子鉴定,结合热门的糖尿病领域,运用多数据库进行综合分析。在筛选出不同表达基因(DEGs)并进行了转录因子基因鉴定以及调控网络构建之后,为了验证结果的可靠性,我们通常会进行一系列的实验验证,包括体内和体外实验,以及动物模型的构建。而这里作者运用Nephroseq v5在线工具进行mRNA表达模式的分...
转录因子调控网络分析 转录因子(Transcription factors ,TFs)可以结合在基因上游特异的核苷酸序列上,以此调控基因的表达。基因转录调控网络描述转录因子及其调控的基因之间的关系。理论上,基因调控网络包含所有可能发生的基因调控关系和实现某种生物学功能的不同调控关系的组合机制。通过手工注释和高通量实验获得的基因调控关系...
转录因子(transcription factor, TF)是基因表达调控中的重要枢纽,在多个层面上都影响着癌症的发生发展.目前转录因子相关的数据库多专注于收集调控关系,但是这些调控关系多通过计算方法推断得出,没有直接的具体实验证据,更没有对相关的疾病背景作注释.调控关系是转录因子研究中的一个重要方面,但转录因子还通过很多其他方面...
5.4.2 转录因子的调控特异性与参与网络构建的倾向性 新类型的转录因子具有更高的调控特异性,而前面的分析暗 示转录因子的调控 特异性与其参与构建的网络之间可能存在某种内在的联系 (详见 4.4.2)。那么新类型转录因子的高调控特异性是否与 其参与网络构建的倾向性有关呢?
TCGA基因差异表达分析 转录因子调控网络 速科生信自学网光俊 转录因子 转录因子transcriptionfactor是一群能与基因5端上游特定序列专 一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达 的蛋白质分子。 转录因子
经过数亿年的演化,植物形成了一套独特的系统来精确调控生长发育和快速响应多变的环境.作为调控基因转录的开关,转录因子及转录调控网络在植物生长发育及应对各种生物和非生物胁迫中具有关键作用.转录因子及转录调控网络的演化也在很大程度上造就了形态迥异,适应不同生境的植物物种.植物从水生到陆生的演化过程中,产生了很多...