一、转录因子介绍 转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录,…
HOCOMOCO数据库是一个基于ChIP-Seq数据构建的人和小鼠转录因子结合位点(TFBS)的综合性数据库。数据库提供了基于实验数据构建,并经过严格筛选和验证的转录因子结合位点详细信息。并且提供了多种工具和功能,如MoLoTool可用于查找基因启动子区序列中结合的转录因子,MACRO-APE用于motif比较及相似motif检索等。 https://hocomoco...
TransmiR是一个转录因子-microRNA(TF-miRNA)调控关系的数据库,通过该数据库可以查询转录因子与miRNA之间的调控关系。 数据库链接: http://www.cuilab.cn/transmir 8 hTFtarget 使用hTFtarget可查询人类转录因子的靶基因,探索哪些转录因子可以调节所查询的基因,查询相应的ChIP-Seq样本信息,预测序列的转录因子结合位点等。
很多初次使用TRRUST数据库的小伙伴在这里可能会有点迷惑为什么会有两种作用模式,是因为用户输入检索的基因本身就有可能是一个转录因子,一个本身是转录因子的基因编码产生的蛋白可以调控下游其他的基因,那它本身也是可以受其他转录因子所调控转录的。如右侧TRRUST提供的示例分子,BRCA1即转录因子,CDKN1A为非转录因子,两种分子...
🌟🌟数据库1:提供详细的转录因子信息,包括序列、结构、功能等。 🌟🌟数据库2:专注于转录因子的相互作用网络,揭示其在细胞内的调控机制。 🌟🌟数据库3:整合了多个数据源,为用户提供全面的转录因子研究资料。 🌟🌟数据库4:专门针对特定生物种类,如人类、小鼠等,提供特定物种的转录因子数据。
在页面左侧文本框中输入多个转录因子,点击“Submit”可查询其共同靶标基因。右侧文本框中输入多个目的基因名称,点击“Submit”可查询调节所有目的基因的转录因子。 以查询多个转录因子的共同靶标功能为例,在本框中输入多个目的转录因子,点击“Submit”后页面下方出现转录因子共同靶标基因信息,点击文本框下方的“Download”...
http://meme-suite.org/db/motifs 打开后的界面: 这个网页列出了1429个数据库,分别有真核生物、原核生物、人的、小鼠的……各种转录因子数据库。 本文整理自Biostars。 更多的行业动态,可继续关注我们网站动态发布,同时关注基迪奥微信~扫一扫添加基迪奥好友~随时随地关注行业动态!
转录因子在调控基因表达的过程中发挥了至关重要的作用,因此也涌现出众多的转录因子数据库,今天给小编大家介绍几个信息全面且专业的转录因子数据库。 1:TRANSFAC数据库 TRANSFAC数据库是手工收集的关于真核生物转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合profiles的数据库。主要用于预测潜在的转录因子结合位点。
转录因子结合位点（TFBS）是它们发挥作用的关键区域，长度通常在5至20个碱基对。每个转录因子可能影响多个基因，其结合位点在不同基因上既有保守性又有所差异，体现了转录调控的精细调控机制。在全球范围内，研究者们已经开发了一系列专用于研究转录因子的数据库，例如AnimalTFDB，提供广泛物种的转录因子信息...
JASPAR数据库是一个全面的转录因子数据库，包含转录因子的mitif信息，用于预测转录因子与序列的结合区域。该数据库拥有九种不同来源和类别的转录因子信息，包括：JASPAR CORE：包含高质量且非冗余的真核生物转录因子motif信息，是数据库的核心。每个motif编号以MA开头。Collection CNE：包含了调控人类非编码...