一、转录因子介绍 转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录,…
1. TRRUST (Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining) 简介:TRRUST是一个人工注释的转录调控网络数据库,不仅包含转录因子对应的靶基因,也包含了转录因子间的调控关系,并且提供了TF-target互作信息。TRRUST目前包括两个物种:人和小鼠,分别包含800个人类TF和828个小鼠TF的8,444和6...
点击External links选项卡下的外部数据库图标,可以链接到外部数据库相应转录因子(蛋白)的信息页面,比如点击UniPort数据库的图标,可以查看该转录因子的详细注释信息,如下。 2.得到已知转录因子的详细信息 点击搜索,在搜索框内查找关注的转录因子信息,可以检索转录因子名称,物种信息,转录因子ID,Uniprot ID ,或者其他关注信息。
🤔首先,咱们得搞清楚啥是转录因子。简单来说,转录因子就是那些能跟基因5端上游特定序列结合的蛋白质分子。它们就像是小开关,控制着基因在特定时间和空间里的表达强度。没有这些小开关,基因可能就懒得动弹了。 常用转录因子数据库推荐📚好了,咱们进入正题。这里有几个我常用的转录因子数据库,赶紧收藏吧!
数据库链接: http://cistrome.org/db/#/ 7 TransmiR TransmiR是一个转录因子-microRNA(TF-miRNA)调控关系的数据库,通过该数据库可以查询转录因子与miRNA之间的调控关系。 数据库链接: http://www.cuilab.cn/transmir 8 hTFtarget 使用hTFtarget可查询人类转录因子的靶基因,探索哪些转录因子可以调节所查询的基因,查...
在页面左侧文本框中输入多个转录因子,点击“Submit”可查询其共同靶标基因。右侧文本框中输入多个目的基因名称,点击“Submit”可查询调节所有目的基因的转录因子。 以查询多个转录因子的共同靶标功能为例,在本框中输入多个目的转录因子,点击“Submit”后页面下方出现转录因子共同靶标基因信息,点击文本框下方的“Download”...
人与小鼠专用数据库, 网址为:https://hocomoco11.autosome.ru/ hTFtarget数据库 人类TF-target数据库,网址为: http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/ 以上就是小果的分享,转录因子数据库有很多,小果列了些自己常用的一些数据库,供各位伙伴参考,同时也欢迎各位果粉提问留言。
🔍 1️⃣ KnockTF2.0数据库:这个数据库可是个大宝藏,收录了人类和小鼠的转录因子敲除(knockdown/knockout)基因表达谱数据。里面可是有1468个精心整理的RNA-Seq和芯片数据集哦,涵盖了612个TFs和172个TcoFs。不仅如此,还提供了超级增强子、增强子、转录因子结合位点等各种遗传注释信息,简直是转录因子研究的百科全书!
在第一个找哪些转录因子靶向感兴趣的基因中,输入E2F1为示例,得到结果如下: 可以看到有很多预测到的转录因子靶向E2F1。 点击Result in figure得到以下信息: 1.调节潜能(RP)是一种评估因子调节基因的可能性的分数。 2.X轴表示RP得分。Y轴表示不同...