诺贝尔奖官方表示，2024年诺贝尔化学奖的主题是蛋白质——生命中巧妙的化学工具。大卫·贝克成功完成了几乎不可能的任务，构建了大量全新的蛋白质。德米斯·哈萨比斯和约翰·朱姆珀开发了一种人工智能模型，解决了一个50年来的难题：预测蛋白质的复杂结构。这些发现具有巨大的潜力。生命的多样性证明了蛋白质作为化学工具...
实际上，国内的学术界和产业界也在蛋白质结构预测领域紧追国际步伐。澎湃新闻（www.thepaper.cn）记者获悉，12月8日，北京深势科技有限公司（下称“深势科技”）宣布推出蛋白质结构预测工具 Uni-Fold，这是蛋白质结构研究领域首款完全开源并成功复现大规模训练的工具。据介绍，在相同的测试条件下，Uni-Fold 的预测...
基于神经网络的全新设计的AlphaFold版本,其预测的蛋白质结构能达到原子水平的准确度。2021年7月15日,华盛顿大学蛋白设计研究所David Baker教授课题组及其他合作机构在Science上发表论文"Accurate prediction of protein structures and interactions using a three-track neural network",公布了其开源蛋白质预测工具RoseTTAFold...
根据DeepMind的说法，AlphaFold可以预测蛋白质数据库（一个广泛使用的科学数据库）中几乎所有分子的结构。DeepMind声称，该模型通常以“原子精度”生成这些预测。AlphaFold 新版本不仅可以估计蛋白质的形状，还可以估计其他生物分子的形状。包括：小分子（配体）、蛋白质、核酸（DNA和RNA）、具有翻译后修饰（PTM）的分子。第...
● 允许用户查询特定基因或蛋白质的相互作用网络。 ● 可视化相互作用网络并进行拓扑分析。 网址: STRING(https://string-db.org/) 2. GeneMANIA GeneMANIA 是一个灵活且用户友好的工具,用于预测基因功能和构建基因相互作用网络。它通过整合多个来源的数据(包括基因共表达、蛋白质-蛋白质相互作用、遗传相互作用、通路...
Cell-PLoc(Cellular Localization of Proteins)是上海交通大学模式识别与生物信息学研究组开发的众多在线工具中的一个,主要用于预测不同生物体中蛋白质的亚细胞定位。 工具网址: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/ Cell-PLoc工具的用法很简单,以其中的Hum-mPLoc 2.0小工具为例,只需将目标蛋白序列...
主流蛋白质结构预测工具严重依赖于从多序列比对(MSA)中提取的协同进化信息。MSA可以简单地看作是与靶蛋白链序列相似的蛋白质链,MSA与蛋白质序列的协同进化信息有关,这对预测其结构至关重要。然而,过度依赖MSA成为各种蛋白质相关任务的瓶颈,这是因为搜索MSA非常耗时,一个蛋白质需要花费数十分之久,这对于蛋白质设计等...
在蛋白领域,华盛顿大学 David Baker 团队又带来了新进展。 蛋白质是生命存在不可或缺的分子,但它们不是细胞中唯一的分子,参与生命过程它们必须与其他分子相互协作。 近年来,AlphaFold 和 RoseTTAFold 等蛋白质结构预测算法,席卷了结构生物学领域。 深度学习方法彻底改变了蛋白质结构预测和设计方式,但目前仅限于纯蛋白...
在此次的新研究中，华盛顿大学医学院生物化学系教授、蛋白质设计研究所所长 David Baker 领导一支计算生物学家团队，成功开发一款名为 RoseTTAFold 的工具，基于深度学习，能够根据有限的信息快速准确地预测出目标蛋白质的结构，达到与 AlphaFold2 不相上下的准确度。图 | David Baker（来源：UW）不仅如此，RoseTTAFold ...
北京时间9月21日晚,2023年度拉斯克奖揭晓。近年来引起巨大轰动的蛋白质结构预测工具AlphaFold继盖德纳国际奖后再次获得基础医学奖,让数百万患者重见光明的OCT发明团队获得临床医学奖,作出卓越贡献的荷兰癌症研究所所长Piet Borst 则获得医学科学特别成就奖! 拉斯克基金会由被称为“现代广告之父”的著名商人阿尔伯特·拉斯克...