首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可以从蛋白质数据银行(PDB)或其他蛋白质结构数据库中获取。小分子结构可以通过化学软件或数据库获得,也可以通过药物分子的化学结构绘制软件自行绘制。 预处理结构 🔧 对蛋白质和小分子的结构进行预处理,包括去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。 选择对接软件 ...
1️⃣ 收集结构:首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可从PDB等数据库获取,小分子结构则可通过化学软件或数据库获取,或自行绘制。2️⃣ 预处理结构:对蛋白质和小分子进行预处理,如去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。3️⃣ 选择对接软件:根据需求和计算资源选择合适的对接软件,如AutoD...
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
首先加工处理小分子ad_ligand.pdb 给小分子加H原子 给小分子加电荷 加工完成后指定为要对接的ligand 自动确定扭矩中心 确定对接过程中键的旋转与否,绿色为可旋转。 加工完成,将加工结果保存为pdbqt文件。 接下来处理蛋白质分子 先把刚才载入的小分子删除
评分函数（scoring function）是蛋白质-小分子对接和筛选中的关键要素。传统的评分函数，通常是基于经验函数或分子力场的，又或者是基于统计模型的。比较成功的评分函数有GlideScore[1]和AutoDock Vina score[2]。这些评分函数已被证明有助于小分子的药物筛选和设计。这些传统评分函数的主要优势包括（但不限于）以下...
[90] 获取蛋白质四级结构 - 1. 实验... 1410播放 02:44 [91] 蛋白质-蛋白质分子对接 - 1. ... 2047播放 03:34 [92] 蛋白质-蛋白质分子对接 - 2. ... 2591播放 01:36 [93] 蛋白质-小分子分子对接 - 1. ... 2751播放 04:41 [94] 蛋白质-小分子分子对接 - 2. ... 1701播放 待...
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
评分函数(scoring function)是蛋白质-小分子对接和筛选中的关键要素。传统的评分函数,通常是基于经验函数或分子力场的,又或者是基于统计模型的。比较成功的评分函数有GlideScore[1]和AutoDock Vina score[2]。这些评分函数已被证明有助于小分子的药物筛选和设计。这些传统评分函数的主要优势包括(但不限于)以下几点:1...
蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接 1.设置Docking的参数文件 (1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename” →找到test工作文件夹→打开“ad_protein.pdbqt”。 (2)选定小分子:点击“Docking”→点击“Ligand”→点击“Open”→找到test工 ...