对蛋白质和小分子的结构进行预处理,包括去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。 选择对接软件 🛠️ 选择适合你需求的对接软件,如AutoDock、AutoDock Vina、GOLD等。这些软件通常有免费版本或试用版本可供使用。 设置对接参数 ⚙️ 在对接软件中设置相关参数,包括搜索空间的定义、对接算法的选择、运行的迭代...
1️⃣ 收集结构:首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可从PDB等数据库获取,小分子结构则可通过化学软件或数据库获取,或自行绘制。2️⃣ 预处理结构:对蛋白质和小分子进行预处理,如去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。3️⃣ 选择对接软件:根据需求和计算资源选择合适的对接软件,如AutoD...
结合能计算:我们还可以为您计算小分子与蛋白质的结合能,提供更精确的数值结果。 价格优惠:一个蛋白加一个化合物的结合能计算服务仅需8元,而整体图和局部图的可视化呈现服务也仅需7元。通过这些服务,您可以更好地理解分子对接的过程和结果,为后续的科研工作提供有力支持。 长图 0 79 发表评论 发表 作者最近动态...
在化学分子与蛋白质互作研究中(如药物与靶蛋白),分子对接是一个常用的手段,许多高分期刊中也能看到分子对接的结果。分子对接可以得到配体分子和受体蛋白的结合位置及其结合强度。在模拟对接过程中会得到很多个分… 阅读全文 赞同 139 27 条评论 ...
用Autodock做分子对接需要先准备蛋白和小分子的3的结构文件,并且生成Autodock接受的pdbqt格式。这个视频介绍了不同情况下如何用AutoDockTools生成pdbqt文件,还有怎么用openbabel转换结构文件的格式。 知识 野生技能协会 生物 野生技术协会 科研 生物信息 分子对接 ...
综合运用光谱分析法和分子对接技术,对药物小分子与蛋白质的相互作用进行了研究。 论文共分五部分: 第一章:简述了药物小分子与蛋白质相互作用的研究意义、研究现状和前景展望。 阐述了用荧光光谱法和分子对接法研究二者相互作用的原理。 第二章:用荧光光谱法和分子对接技术研究了生理条件下一种吡喃并【4,3.b]Pl￡...
蛋白质与小分子间的相互作用与识别过程是如今研究的热点,而基于生物信息学的 分子对接技术则是研究这一问题的有效手段。分子对接就是找到配体与受体在其活性区 域相结合时能量最低的构象。 分子对接方法面临着两大基本问题需要解决:一是评价配体和受体之间结合的紧密 程度,此问题通过评价函数解决。另一个则是搜寻受体...
中心原子位置，还有对接盒子大小可以检查一下是不是有问题。
autodock软件已下载安装好，只是不知道做分子对接的具体流程。有哪位能帮忙推荐下相关视频或文档，不胜...
越来越多的药物开发人员将大分子特别是蛋白质作为一种治疗用药物来选择。蛋白质药物的开发和应用,目前还存在诸多挑战,如果不能很好地了解蛋白质结构的性质和所配制的特定蛋白质的构象特征,结果可能不尽人意。这里提供一个蛋白质结构的简要概述,还将介绍蛋白质结构如何在形成过程中受到影响,以及一些相关的分析方法,这些...