涉及主要技术:WGS、Hi-C、RNA-seq等 1.正向遗传全染色体拷贝数筛选 为了评估各种非整倍体的潜力,作者在正常二倍体人端粒酶逆转录酶(hTERT)-永生化人乳腺上皮细胞(hTERT-HMEC)和-肾近端小管上皮细胞(h TERT-RPTEC)中进行全染色体正向遗传筛选(图1a)。这些细胞揽括了组织特异性基因表达模式,并代表了具有不同CNA...
最后，研究团队使用EPIC-seq分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者治疗前的血液样本（图5），EPIC-seq的表达推断可以检测不同组织来源的DLBCL基因突变信号，从而将癌症患者与健康对照者区分开，准确反映DLBCL治疗前后的突变负荷。此外，研究团队构建的EPIC-seq panel还能够对DLBCL肿瘤中转录方式不同的两种分子亚型进行分...
该团队研究方案是基于Ion AmpliSeq技术所设计的,针对实体肿瘤进行分析,利用Ion Torrent测序平台将周转时间平均缩短到6个工作日(国际指南目前推荐10个工作日)。当肿瘤组织量不足时,会存在一定的组织丢弃率;在实验优化过程中,该研究的组织丢弃率从6.5%下降到3.4%,平均所需样本量为10ng DNA和20ng RNA。 其研究目标是...
人体标本:人类原发性PDAC及匹配的邻近非癌性胰腺切除标本。 方法:组织分离和细胞纯化,细胞捕获和cDNA文库制备,scRNA-seq数据处理、质量控制和分析,伪时间分析,RNA速度分析,InferCNV分析,Receptor-ligand交互,单细胞调控网络推理与聚类(SCENIC),GO和KEGG分析,RNA荧光原位杂交,传统RNA-seq,统计分析。 3 结果解读 1. scR...
在本研究中,我们分别从I期和II期CC患者的肿瘤组织中分离出42928和29200个细胞核,并进行单细胞核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing,snRNA-seq)分析。我们利用生物信息学工具对细胞的异质性和功能进行了比较研究。此外,我们还进...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)是研究肿瘤异质性、组织微环境等复杂生物系统的有力工具。然而,原发实体肿瘤组织和病人组织异种移植小鼠模型的单细胞RNA测序技术和生物学变异的来源尚不清楚。 结果: 我们使用低温(6°C)蛋白酶和胶原酶(37°C...
涉及主要技术:WGS、Hi-C、RNA-seq等 1.正向遗传全染色体拷贝数筛选 为了评估各种非整倍体的潜力,作者在正常二倍体人端粒酶逆转录酶(hTERT)-永生化人乳腺上皮细胞(hTERT-HMEC)和-肾近端小管上皮细胞(h TERT-RPTEC)中进行全染色体正向遗传筛选(图1a)。这些细胞揽括了组织特异性基因表达模式,并代表了具有不同CNA...
为确定cfDNA特征与基因表达是否相关,研究团队将特定的cfDNA片段特征与通过RNA测序(RNA-seq)确定的血液白细胞表达水平相关联,并根据表达水平对基因进行排序,以表征启动子处cfDNA片段的分布。同时,研究团队还将捕获的cfDNA片段长度的多样性标准化后定义为启动子碎片熵(PFE)。结果显示,cfDNA中的PFE与外周血单核细胞(PBMC...
为确定cfDNA特征与基因表达是否相关,研究团队将特定的cfDNA片段特征与通过RNA测序(RNA-seq)确定的血液白细胞表达水平相关联,并根据表达水平对基因进行排序,以表征启动子处cfDNA片段的分布。同时,研究团队还将捕获的cfDNA片段长度的多样性标准化后定义为启动子碎片熵(PFE)。结果显示,cfDNA中的PFE与外周血单核细胞(PBMC...
为确定cfDNA特征与基因表达是否相关,研究团队将特定的cfDNA片段特征与通过RNA测序(RNA-seq)确定的血液白细胞表达水平相关联,并根据表达水平对基因进行排序,以表征启动子处cfDNA片段的分布。同时,研究团队还将捕获的cfDNA片段长度的多样性标准化后定义为启动子碎片熵(PFE)。结果显示,cfDNA中的PFE与外周血单核细胞(PBMC...