InfiniumPurify有三个主要的功能:getPurity,InfiniumDMC和 InfiniumClust,可以推断肿瘤纯度、差异甲基化分析和肿瘤样本聚类。 一、InfiniumPurify介绍 1. getPurity: 用DNA甲基化Infinium 450 k数据评估肿瘤纯度 利用getPurity函数来估计肿瘤样本的纯度。它输入肿瘤样本(或正常样本)和肿瘤类型的甲基化beta value矩阵,输出所...
肺鳞状细胞癌和头颈部鳞状细胞癌之间的间质和免疫scores分布的相似性表明,这些肿瘤可能具有相似的基因组特征,但也具有可比的肿瘤细胞。 四、体细胞突变对肿瘤纯度的影响 为了检查肿瘤纯度对检测基因改变的能力的影响,将每个肿瘤类型的样本分类,ESTIMATE scores在前25%是低纯度组,后25%是高纯度组。低纯度头颈部鳞状细胞...
##purecn进行测试肿瘤纯度,最简单的代码进行测试分析 /home/zhangl/miniconda3/envs/R3.6.0/bin/Rscript /home/zhangl/miniconda3/envs/R3.6.0/lib/R/library/PureCN/extdata/PureCN.R --out /home/zhangl/purity/NGC220111006-UDI80/purecn/test/NGC220111006-UDI80 \ --tumor /home/zhangl/purity/NGC22...
一般在检测cnv的时候一般没有cnv的存在的话,我们会看下肿瘤纯度,如果肿瘤纯度很低的话那就说明就是没有cnv的存在,但是也不排除肿瘤纯度低,检测出cnv的情况contra软件检测cnv的时候,copy number=2(2^mean.LR) gain的cn大于5以上认为阳性;loss的一律不报 我们自己的数据选择的是3和1 ...
ESTIMATE算法,可以根据表达数据估计肿瘤样本的基质分数(stromal score )和免疫分数(immune score),用于代表基质和免疫细胞的存在。两个分数相加即得到estimate score,可用于估计肿瘤纯度。 该算法于2013年发表在NC上:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3826632/ ...
肿瘤甲基化水平和纯度之间的高度相关性可以表明肿瘤甲基化水平严重受肿瘤纯度的影响,而从癌症病人那里通过手术获得的肿瘤组织又都是不纯的,从而可以说明我们所获得的肿瘤样本的甲基化水平值由于受肿瘤样本纯度的影响偏离“纯癌症”样本的甲基化水平值更远,并不能代表此癌症样本的纯的甲基化水平,所以估计“纯化”癌症样本...
ESTIMATE算法是一种用于评估样本肿瘤纯度的算法。是由美国著名的MD安德森癌症开发和维护。 通过输入一个简单的基因的表达矩阵,我们可以等到免疫细胞、基质细胞的含量水平分值,以及样本纯度的数值。 输入文件: ESTIAMTE评估算法的代码也相当简短: library(utils)#安装 rforge <- "http://r-forge.r-project.org" instal...
InfiniumPurify有三个主要的功能:getPurity,InfiniumDMC和 InfiniumClust,可以推断肿瘤纯度、差异甲基化分析和肿瘤样本聚类。 大致计算过程 如果有正常样本的数据,并且肿瘤和正常样本的数量都足够大(≥20),该函数首先通过比较肿瘤样本和正常样本之间的甲基化差异以及肿瘤样品中的变异,来识别大量的有效的差异甲基化CpG位点(...
VAF = Allele Depth / Total Depth在二倍体的germline基因分型中，杂合位点的VAF在高深度（如DP大于80）下通常接近50%，而接近0.25/0.75的比例可能暗示着基因组存在另一拷贝。在癌症基因组分析中，VAF对于评估肿瘤异质性、肿瘤纯度以及预后至关重要。MAF：次等位基因频率的群体遗传学视角 MAF，Minor ...