InfiniumPurify有三个主要的功能:getPurity,InfiniumDMC和 InfiniumClust,可以推断肿瘤纯度、差异甲基化分析和肿瘤样本聚类。 一、InfiniumPurify介绍 1. getPurity: 用DNA甲基化Infinium 450 k数据评估肿瘤纯度 利用getPurity函数来估计肿瘤样本的纯度。它输入肿瘤样本(或正常
肺鳞状细胞癌和头颈部鳞状细胞癌之间的间质和免疫scores分布的相似性表明,这些肿瘤可能具有相似的基因组特征,但也具有可比的肿瘤细胞。 四、体细胞突变对肿瘤纯度的影响 为了检查肿瘤纯度对检测基因改变的能力的影响,将每个肿瘤类型的样本分类,ESTIMATE scores在前25%是低纯度组,后25%是高纯度组。低纯度头颈部鳞状细胞...
puree软件是通过一种无参考的肿瘤基因表达谱来预测肿瘤纯度,这个只针对于基因表达数据进行分析VAF可以用于推断肿瘤的异质性和肿瘤纯度ichorCNA 主要用于检测极低深度(∼0.01×)测序的 cfDNA 样本中肿瘤分数(tumor fraction,TFx)和拷贝数变异(CNV),也可应用于肿瘤组织。
肿瘤样本中癌细胞总是混合一定未知比例的正常细胞,我们称肿瘤样本中癌细胞所占的比例为肿瘤纯度(Tumor purity),称由染色体结构和数目异常导致的肿瘤样本中癌细胞的真正含量为倍性(Tumor ploidy)。估计肿瘤的纯度和倍性有利于癌症基因组进化和肿瘤内的异质性研究。 Sequenza是一个使用配对的肿瘤/正常样本DNA测序数据来估...
免疫基质评分是一种用于评估肿瘤组织中免疫和基质成分的动态调节的方法,它可以用来预测肿瘤患者的预后和治疗效果。通过计算肿瘤组织中免疫和基质细胞的比例,可以得到一个免疫基质评分,该评分越低,表示肿瘤纯度越高,肿瘤组织中基质细胞和免疫细胞浸润水平越低。
通过使用ESTIMATE算法,我们预测出免疫评分和基质评分,从而预测基质细胞和免疫细胞的含量,预测到基质和免疫细胞的含量之后,便可以计算每个肿瘤样本中的肿瘤纯度,如果基质细胞和免疫细胞含量多了,那么肿瘤纯度就低,反之肿瘤纯度就高了。 预测用到的数据就是基因表达的数据,...
肿瘤甲基化水平和纯度之间的高度相关性可以表明肿瘤甲基化水平严重受肿瘤纯度的影响,而从癌症病人那里通过手术获得的肿瘤组织又都是不纯的,从而可以说明我们所获得的肿瘤样本的甲基化水平值由于受肿瘤样本纯度的影响偏离“纯癌症”样本的甲基化水平值更远,并不能代表此癌症样本的纯的甲基化水平,所以估计“纯化”癌症样本...
肿瘤样本中癌细胞总是混合一定未知比例的正常细胞，我们称肿瘤样本中癌细胞所占的比例为肿瘤纯度(Tumor Purity),称有染色体结构和数目异常导致的肿瘤样本中癌细胞的真正含量为倍性(Tumor ploidy)。估计肿瘤的纯度和倍性有利于癌症基因组进化和肿瘤内异质性研究。Sequenza，一个R包，能够有效地估计肿瘤细胞的...
肿瘤细胞中TP53基因突变类型多样,不同突变影响其对肿瘤细胞增殖、凋亡的调控能力。研究表明,在乳腺癌中,TP53基因突变率可达20%-40%。当肿瘤样本中TP53基因突变一致性较高时,提示肿瘤细胞的同源性可能较高,肿瘤纯度相对较大。因为若肿瘤纯度低,混入较多正常细胞,会稀释TP53基因突变信号,使其突变频率在检测中相对降低。