简并引物是根据蛋白质氨基酸序列设计的包含多个碱基组合的引物群,用于扩增未知DNA。一般原则:1.密码子使用频率优先;2.减少简并度(如3'端少简并);3.引物长度18-30bp;4.Tm值相近;5.避免二级结构。 **问题拆分**:需明确定义及设计原则两部分内容。 **知识提取**: 1. **定义**:简并引物基于氨基酸反向翻译...
简并引物通俗的讲是不完全相同的引物序列的混合物。使用简并引物是为了增强引物的通用性,即不同DNA序列的目的基因都可以用这种引物进行PCR扩增。其定义是为了获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列...
简并引物设计的一般原则是: ( 1 ) 选择保守区设计简并引物; ( 2 ) 选择简并性低的氨基酸密码区设计引物; ( 3 ) 注意密码的偏爱性; ( 4 ) 使用尽可能短的引物,以降低简并性,最短可用 15~20 个碱基。 ( 5 ) 由于 TaqDNA 聚合酶在 PCR 扩增时容易掺入错误碱基,所以设计的引物,其 3’ 端尽量使用...
如果得到的引物如5'-NAGSGNGCDTTANCABK-3'，其简并度高达2304，这可能会影响PCR实验的效果。为了降低简并度，我们可以采用两种方法：一是用次黄嘌呤替换某些核苷酸；二是根据物种的密码子偏好来调整引物设计。最终，我们设计出的简并引物对将适用于与比对的氨基酸序列所属物种及其分类地位相同的其他物种。通过不断练...
最好使用专门的简并引物设计方法如:CODEHOP bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/codehop.html GeneFisher2 bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/ 在这里我们特别值得说明的是CODEHOP方法,该方法要求的保守区较短,而且能有效的降低引物的兼并度,是一种非常有效的方法。该方法主要是通过将简并区放在3′末端...
1. 选择高度保守的氨基酸区域设计;2. 优先使用密码子第三位简并;3. 引物长度18-30bp,Tm值保持±5℃差异;4. 避免3′端碱基简并;5. 控制总简并度(<1000> 设计简并引物的核心思路是通过处理序列变异平衡扩增效率与特异性。首先确定多序列比对后的高度保守区域作为靶区,规避突变热点。针对密码子第三位的冗余性...
简并引物设计可以通过人工设计或计算机辅助设计完成。1.人工设计 人工设计简并引物需要根据目标序列的多态性情况，逐个考虑每个碱基的变异情况，然后选择合适的碱基组合作为简并引物的设计。例如，对于一段序列“ATGCTAGC”，在第三个碱基位置上存在两种可能性“A”和“T”，在第七个碱基位置上存在三种可能性“A”、“...
次黄嘌呤(dI)可与多种碱基配对,降低引物设计的简并度 **1. 简并引物的背景** 简并引物设计用于扩增存在碱基变异的DNA序列时,同一位置需引入不同碱基(如同时包含A/T),即简并位点。然而,过多的简并碱基会导致引物混合物种类指数增加,降低有效引物浓度及退火特异性。 **2. dI的特性与作用原理** 次黄嘌呤...
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④ ,在简并度高的位置,可用次黄嘌呤(dI)代替简并碱基。 以上几点,遵循的总的原则为:尽量降低引物的简并度,尤其在3’末端或近3’末端。 简并引物设计的常见程序如下: 1. 利用NCBI 搜索不同物种 中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。 因为...