简并引物通俗的讲是不完全相同的引物序列的混合物。使用简并引物是为了增强引物的通用性,即不同DNA序列的目的基因都可以用这种引物进行PCR扩增。其定义是为了获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列...
简并引物通俗的讲是不完全相同的引物序列的混合物。使用简并引物是为了增强引物的通用性,即不同DNA序列的目的基因都可以用这种引物进行PCR扩增。其定义是为了获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列...
自己做过一些简并引物,现将我利用生物信息学资源设计简并引物的各个步骤作一个总结,各位战友可将各自的心得体会写下,以便大家交流!!! 一、利用ncbi搜索不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系,不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的...
简并引物设计过程 (1)利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列因为密码子的关系,不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统,查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTP(通过蛋白查蛋白),在整个NR数据库中查找与之相...
最好使用专门的简并引物设计方法如:CODEHOP bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/codehop.html GeneFisher2 bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/ 在这里我们特别值得说明的是CODEHOP方法,该方法要求的保守区较短,而且能有效的降低引物的兼并度,是一种非常有效的方法。该方法主要是通过将简并区放在3′末端...
简并引物设计的一般原则是: ( 1 ) 选择保守区设计简并引物; ( 2 ) 选择简并性低的氨基酸密码区设计引物; ( 3 ) 注意密码的偏爱性; ( 4 ) 使用尽可能短的引物,以降低简并性,最短可用 15~20 个碱基。 ( 5 ) 由于 TaqDNA 聚合酶在 PCR 扩增时容易掺入错误碱基,所以设计的引物,其 3’ 端尽量使用...
简并引物常用于从已知蛋白到相关核酸分子的研究及用于一组引物扩增一类分子。 一,简并引物设计方法 1,利用NCBI搜索不同物种 中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系,不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是...
一、简并引物设计的原理 简并引物是一种含有多个碱基的引物,其中每个碱基的位置都可以存在多种可能性。简并引物的设计原理是根据目标序列的多态性,将可能出现的碱基变异情况考虑在内,从而设计出能够特异性扩增目标序列的引物。 二、简并引物设计的方法 简并引物设计可以通过人工设计或计算机辅助设计完成。 1.人工设计...
简并引物的设计还需要考虑到PCR反应的条件和优化。在PCR反应中,引物的浓度、温度和反应时间等因素都会影响PCR反应的效率和准确性。因此,在简并引物的设计中,需要对PCR反应条件进行优化和调整,以确保PCR反应的稳定性和可靠性。 简并引物设计是一项复杂而重要的技术,它可以在PCR反应中同时扩增多个目标序列,从而提高PCR...