Tangram是Avivi课题组开发的整合scRNA-seq和空间转录组数据的一个深度学习算法,包括单细胞mapping (Alignment)、空间基因表达预测和去卷积等功能,是一个较为全能且性能优异的空转数据分析算法。, 视频播放量 7892、弹幕量 1、点赞数 214、投硬币枚数 144、收藏人数 307、
随着转录组技术的发展,空间转录组已经正式走向商业化时代,作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进,也相应地开发了空间转录组分析的一套函数,让我们跟随卑微小王看看Seurat官网教程吧。 本教程演示如何使用Seurat v3.2分析空间解析的RNA-seq数据。虽然分析流程类似于Seurat的单细胞RNA-seq分析流程,但我们引入了交互可...
10X空间转录组Visium:基本概念 10X空间转录组Visium || 空间位置校准 Seurat 新版教程:分析空间转录组数据(上) Seurat 新版教程:分析空间转录组数据(下) 今天我们就以10X-Visium,我们来看看在scanpy中如何分析空间转录组数据。其实分析的框架依然是质控-降维-分群-差异分析-markergene。 要运行一套教程前提是要有相应...
Tangram | 空间转录组(ST)和单细胞转录组(scRNA-seq)数据整合分析教程
Seurat新版教程:分析空间转录组数据(上) 空间变量特征的识别 Seurat提供了两个工作流程来识别与组织空间位置相关的分子特征。第一种是根据组织内预先标注的解剖区域进行差异表达,这种差异表达可以通过非监督聚类或先验知识来确定。这种策略在这种情况下有效,因为上面的集群显示出明显的空间差异。1de_markers <- FindMarker...
空间转录组学分析,是近几年的一个热点。本教程以Merfish数据为例,给大家介绍怎么用scanpy和squidpy来分析空转数据。 导入需要用到的python包 import squidpy as sq import os,sys import pandas as pd import scanpy as sc # sc.settings.verbosity = 0 ...
官网:https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本,这里是latest版本的学习笔记】 这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间转录组数据分析,以10X数据为主,顺带介绍MERFISH数据的分析。 数据读取 本次分析使用的数据为人类淋巴结,数据下载地址:https://support....
10X空间转录组Visium:基本概念 10X空间转录组Visium || 空间位置校准 Seurat 新版教程:分析空间转录组数据 今天我们就以10X-Visium,我们来看看在scanpy中如何分析空间转录组数据。其实分析的框架依然是质控-降维-分群-差异分析-markergene。 要运行一套教程前提是要有相应的软件和示例数据,这里我们已经下载安装好了。就...
第一个主要功能是空间转录组数据的可视化和分析。Seurat新版提供了许多用于可视化和分析空间转录组数据的功能。例如,Seurat可以用于绘制空间分布图,显示单个基因在组织中的表达模式。这对于研究基因在组成员和组间的差异以及组织结构的空间特异性非常有帮助。此外,Seurat还提供了一种分析转录组数据中基因间相互作用的新方法...
空间数据分析案例式教程 1-16全集 陆陆陆陆陆吟霜 1.3万 14 31:17 单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析标准流程(下集,python Scanpy) scverse 1.3万 5 25:03 cell2location | 空间转录组细胞类型去卷积最强工具 (Spatial transcriptomics deconvolution) scverse 8178 2 22:41 Tangram | 空间转录组...