单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间...
1. 人肾脏空间转录组图谱的无监督mapping和细胞类型鉴定 人肾切除术组织切片取自一位59岁的女性患者中,先经过OCT包埋、H&E染色和显微镜检观察,然后进行透化、RNA分离和空间定位条形码测序,以直接在组织学图像上映射对应的转录组特征(图1A和1B)。根据已知的肾脏区域和细胞类型,使用差异表达的标记基因和潜在的组织学...
现在大部分空间转录组数据集中在脑组织和心脏组织,等等其他空间结构比较重要的组织。 而且,更加重要的一点是空间转录组的resolution很低。 一个spot一般包括5-10个细胞,所以spot注释就很粗糙。 虽然,现阶段有很多中方法给你注释,但就我试过的,结果不咋好。 不知道是不是我技术的问题(希望不是,哈哈哈。) 所以,现...
新格元自主研发的GEXSCOPE®单细胞多组学平台,结合NanoString GeoMx DSP空间组学技术,从多层次、多角度、多组学研究肿瘤微环境及免疫微环境,可以同时获悉胞间联系、基因空间变化等信息,同时赋予关键基因的细胞分布信息和组织分布信息,甚至是时空动态分布变化信息,从而更加精准的研究疾病相关分子机制并探索潜在的治疗靶点。
SBC服务平台深耕单细胞测序和空间转录组测序服务。现阶段,我们已建立完善的单细胞转录组测序与空间转录组测序从实验到数据分析,到两者进行深入联合分析的服务体系。在这里,也通过我们的结果给大家展示两者联合分析带来的数据魅力。 以下为SBC分析结果: 利用小鼠大脑空间转录组数据,我们通过数据降维,将细胞分成了15个不同...
单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间...
通过将单细胞转录组测序数据进行联合分析。结果显示,Cluster3中,只有那类红色的点是真正的L2/3IT神经细胞,而其他特别是颜色为蓝色的细胞,是其他类型的细胞。 空间数据细胞类型分类和联合分析后的L2/3IT神经细胞鉴定结果 利用这样的分析方法,我们对其他类型的神经细胞类型也都分别进行了亚群定义,使得我们在空间不同位置...
研究者利用单细胞和单核RNA测序数据集,将聚类得到的细胞类型映射回人类和小鼠肾脏的空间转录组spots位置上。检测了AKI小鼠缺血/再灌注损伤模型(IRI)和盲肠结扎穿刺模型(CLP)中的差异表达基因(DEGs)和相关信号通路情况。再使用空间转录组测序平台得到的空间转录组信号,将免疫细胞与上皮细胞共定位,确定了这些模型中免疫细...