2023年4月7日，发表在Nature Genetics（IF=30.8）上的文章“Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wild and cultivated tomato species”，组装了11个野生和栽培型番茄染色体级别高质量基因组，并构建了世界首个番茄的超级泛基因组，同时基于泛基因组谱图实现了-番茄SV...
近日,由新疆农业科学院园艺作物研究所与深圳农业基因组研究所、中国农业科学院作科所、生物所多所单位联合,在Nature Genetics(IF=41.3)上发表了题为“Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wild and cultivated tomato species”的文章,通过构建了一个番茄超级泛基因组,...
将之前研究中积累的番茄Illumina 短reads比对到TGG1.0,得到新的变异图谱命名为TGG1.1。 03、图形泛基因组优势 研究分别比较了来自图形泛基因组和线性基因组的 SNPs、Indels 和 SVs 性能指标,发现图形泛基因组在各方面明显优于线性基因组(图1c)。TGG1.1是迄今为止最全面、最准确的番茄基因组变异图谱之一。 图1 番茄...
近日,德国杜塞尔多夫大学Björn Usadel教授在aBIOTECH杂志上发表了题为Solanaceae pangenomes are coming of graphical age to bring heritability back的热点评述,回顾了番茄和马铃薯基因组学主要里程碑式成果,对近期中国农业科学院深圳农业基因组研究所黄三文团队发表在《自然》杂志的马铃薯泛基因组和番茄图泛基因组两项...
针对这一科学问题,其团队收集了11个不同的番茄品种,利用相关测序技术对其基因组进行了从头组装,解析了番茄属的基因组分类和变异特征,并且构建了国际首个番茄图泛基因组。同时,通过运用此图泛基因组,其团队在野生番茄资源中克隆到了一个能显著增加分枝数且果实数量增加的新基因,这对今后加工番茄品种改良和创新具有重大...
图1 野生番茄和驯化番茄的系统发育关系及基因组成分 02、番茄的超级泛基因组 本次研究构建了一个包含11个茄属物种的番茄超级泛基因组。通过聚类分析,本研究确定了40,457个泛基因家族,这些家族涵盖了11个染色体水平基因组的蛋白编码基因,以及之前公布的两个基因组。在捕获的已报道番茄泛基因组中的4,874个非内参基因...
图1 野生番茄和驯化番茄的系统发育关系及基因组成分 02、番茄的超级泛基因组 本次研究构建了一个包含11个茄属物种的番茄超级泛基因组。通过聚类分析,本研究确定了40,457个泛基因家族,这些家族涵盖了11个染色体水平基因组的蛋白编码基因,以及之前公布的两个基因组。在捕获的已报道番茄泛基因组中的4,874个非内参基因...
2023年4月7日,发表在Nature Genetics(IF=30.8)上的文章“Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wild and cultivated tomato species”,组装了11个野生和栽培型番茄染色体级别高质量基因组,并构建了世界首个番茄的超级泛基因组,同时基于泛基因组谱图实现了-番茄SV-GWAS...
2023年4月7日,发表在Nature Genetics(IF=30.8)上的文章“Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wild and cultivated tomato species”,组装了11个野生和栽培型番茄染色体级别高质量基因组,并构建了世界首个番茄的超级泛基因组,同时基于泛基因组谱图实现了-番茄SV-GWAS...
然而,随着人们对产量的追求,很多育种选择导致了番茄的风味和遗传多样性的损失。他的团队通过对11个不同番茄品种的基因组进行研究,建立了国际首个番茄图泛基因组,并且成功克隆到了一种能显著增加果实数量的新基因,真是太棒了! 最后,他还提到关于谷子的研究,作为一种应对气候变化和干旱环境的重要作物,谷子在全球起着...