获取所需序列后可以直接在文件中修改序列的名称,不要删除>,也可以在树的构建完成后在MEGA中修改,如下,小果改为物种名加基因名的形式。 2.多序列比对 打开MEGA➡Open A File/Session➡Align 选择Align后会弹出新的窗口,我们比对的序列就加载进来了 接下来进行序列比对 看到这么多选择不要慌,如果比对的序列比较...
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: 1. 收集序列数据:本文以SOCS1基因为例,通...
这一步是为了寻找用来构建进化树最合适的模型,默认参数即可。 结束后会弹出一个界面,在BIC这一列中给出了模型得分,越靠前的越好,第一个是K2+G,但是软件不支持组合模型,所以选择排名最靠前的单个模型即可,这里小果选择了K2. 4. 构建进化树 在主界面点击PHYLOGENY(树状图标)➡选第二个NJ邻接法建树 *最大似然...
构建进化树的步骤是通过MEGA软件完成的，首先从数据库下载的并导入到MEGA中的fasta序列文件进行序列比对，结果输出后保存为mas文件。接着进行模型筛选，双击打开mas文件，点击“Data”然后选择“Phylogenetic Analysis”。回到主界面，点击“MODELS”，选择“Find Best DNA/Protein Models（ML）…”来寻找构建进...
接着，打开MEGA，进行多序列比对。在"Open A File/Session"菜单中选择"Align"，如果是小规模序列，可以选择默认的比对方法，如ClustalW。如果序列较多，可以使用MUSCL以提高效率。比对完成后，别忘了保存结果。以上只是构建进化树的一部分，小果将在后续内容中继续分享详细的步骤和技巧。如果你对MEGA构建...
点击OK,稍等片刻树就画好了。 MEGA可以对进化树进行可视化和编辑。可以添加标签、改变颜色和样式等。最终的进化树可以导出为多种格式,如PDF、PNG、SVG等。 以上就是基于MEGA软件构建进化树的详细步骤,怎么样,是不是很简单呢? 后记: 如果有绘制进化树的需求,小果强烈安利本公司的云生信平台,打开链接,在云生信·迎...
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